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原始测序数据的第一个QC通常使用已经为bulk RNA-Seq原始数据开发的成熟工具(例如FastQC)进行。接下来,在序列比对之后,通过检查文库大小分布、检测到的每个细胞特征基因数量和每个细胞线粒体基因的百分比表达分布进一步进行质控。文库大小和每个细胞检测到的特征数呈正相关,低水平表明低质量细胞正在经历细胞应激和/或凋亡。
1. 质量控制（QC）：这是首要步骤，用于剔除低质量数据和重复细胞。通过检查文库大小、基因特征数量和线粒体基因表达等指标，确保数据质量。2. 归一化：由于技术差异和数据稀疏性，需要对数据进行标准化处理，以克服cDNA扩增偏差和液滴空载等问题。专为单细胞RNA测序设计的归一化方法优于传统方法。3. 降...
最全最详细的单细胞转录组常见图【辅导】 TOP菌 【生信技能树】GEO数据库挖掘 生信技能树-jimmy 【生信技能树】转录组测序数据分析 生信技能树-jimmy 临床科研生信 1:24:58 【生信纯干货】 生信分析手把手教学 第二课 南四环西路 第一期:转录组学结果解析和目的基因挖掘 ...
天津生物芯片作为国内较早引进10X Genomics平台的测序服务商，经验丰富，下面整理10X Genomics测序分析流程 方法/步骤 1 1.数据预处理流程 2 工具介绍 1，SCFastp——采用fastp软件对下机原始数据进行过滤过短、低质量序列及接头处理等操作。2，UMI_tools_whiteList——采用UMI-tools的whiteList功能建立真实细胞条码的白...
1.一种适用于10x单细胞转录组测序数据的分析方法,其特征在于,包括下列步骤: 1)测序数据处理, 使用10xgenomics官方的cellrangercount流程对原始数据进行处理: 使用count程序对下机的fastq文件进行处理,得到每个细胞的基因的表达reads数; 根据count程序生成的网页中的信息,对测序结果进行质控; 2)seurat数据过滤, 使用seura...
1、为了克服现有技术的不足,本技术实施例的目的在于提供一种基于单细胞全转录组测序数据的分析方法、系统、装置,通过lncrna分析和circrna分析,进行单细胞全转录组基因表达定量,最后进行亚群上调表达基因分析,解决现有技术中对单细胞全转录组测序数据,即scfast-seq数据分析不够全面具体和涉及范围不够广泛的问题。
10x单细胞转录组测序技术的实施主要有两部分,一是实验样本建库测序,二是测序数据的生物信息分析。目前实验样本建库测序主要依靠10xgenomics平台完成且已被本领域认可并推广使用,而对实验数据的挖掘和分析主要依靠测序数据的生物信息分析,本技术领域尚未有良好的分析方法,分析流程过于简单和单一,因此,急需建立10x单细胞转录组...