文章复现:Integration of Single-Cell RNA Sequencing and Bulk RNA Sequencing Data to Establish and Validate a Prognostic Model for Patients With Lung Adenocarcinoma 全文数据分析,没有湿实验。在GEO数据库下载了一份scRNA的数据,两份基因芯片的数据,还下载了TCGA的数据。研究肺腺癌(LUAD),整合scRNA-seq和传统...
两个月前我们更新了优秀的马拉松学员笔记:单细胞+芯片+转录组测序的数据挖掘文章一比一复现,内容非常详实,理论上该流程可以复用到然后一个癌症或者其它疾病,大纲也很清晰(单细胞数据分析本身往往是数据挖掘课题的一个环节而已),接下来继续更新另外一个癌症的复现,大纲不一样哦,大家一定要抽空刷完这波: 文章图表复现:...
1. 细胞分群注释 首先下载数据,文章中用了两个scRNA数据集,GSE154600和GES158937 普通点击下载太慢了,点进NCBI的FTP站点, 在linux上用axel下载会快很多 网页显示 把数据整理成下图标准格式就可以读取了 数据标准格式 library(Seurat) library(stringr) library(clustree) library(dplyr) library(GSVA) library(msigdb...
本次复现只是为了复现图表,数据不一定具有生物学意义(大家可以理解为凑图或者灌水) Step 1.单细胞数据处理 先下载好数据,一共4个样本就新建4个文件夹,名字命名成样本名,文件夹内带'GSM'开头的数据是下载的原始数据,重新复制一份,把文件名改成标准的read10x函数读入格式,一定注意名字不要写错。 一定要保证这3个...
两个月前我们更新了优秀的马拉松学员笔记:单细胞+芯片+转录组测序的数据挖掘文章一比一复现,内容非常详实,理论上该流程可以复用到然后一个癌症或者其它疾病,大纲也很清晰(单细胞数据分析本身往往是数据挖掘课题的一个环节而已),接下来继续更新另外一个癌症的复现,大纲不一样哦,大家一定要抽空刷完这波: 文章图表复现...
随后通过单细胞核转录组测序,鉴定到了需要关注的疾病相关细胞亚群。随后进行单细胞差异基因分析结合公共数据的挖掘,发现了TXNIP具有成为糖尿病治疗靶点的潜力。我们可以看出,整篇文章除了开头通过镜检和染色对组织环境进行检查,后续完全是单纯的生信分析。作者巧妙的使用了之前的研究数据,发现人和猪胰腺组织单细胞数据相关性...
知乎,中文互联网高质量的问答社区和创作者聚集的原创内容平台,于 2011 年 1 月正式上线,以「让人们更好的分享知识、经验和见解,找到自己的解答」为品牌使命。知乎凭借认真、专业、友善的社区氛围、独特的产品机制以及结构化和易获得的优质内容,聚集了中文互联网科技、
理解单细胞转录组的测序本质,并了解到单细胞技术的未来突破方向; 掌握8 个单细胞领域的优质数据库使用并能自己下载数据完成全套的分析; 掌握单细胞领域的课题设计的技巧,并收获5 个数据挖掘思路; 掌握如何分三步完成一篇数据挖掘的文章。 图源:课程制作图片 ...
6. 通过课程学习可直接接近产出文章。 主讲人简介 Dr Wang,国内最先做单细胞测序的团队成员之一,长期致力于研究高通量测序技术及数据分析,研究方向为单细胞测序技术的研发分析及临床应用,擅长生物信息学的数据挖掘及课题设计,单细胞转录组及多组学数据分析与挖掘。累积发表数据挖掘类SCI文章40+篇,其中10分以上达5篇。
关于举办“10X Genomics单细胞转录组测序及多组学数据挖掘技术培训班”通知 各有关单位: 随着新一代单细胞测序技术的快速发展,在准确度大大提高的前提下, 进一步降低测序成本。由此不断产生出巨量的分子生物学数据,这些数据有着数量巨大、关系复杂的特点,以至于不利用计算机根本无法实现数据的存储和分析。随着生物信息学...