文章复现:Integration of Single-Cell RNA Sequencing and Bulk RNA Sequencing Data to Establish and Validate a Prognostic Model for Patients With Lung Adenocarcinoma 全文数据分析,没有湿实验。在GEO数据库下载了一份scRNA的数据,两份基因芯片的数据,还下载了TCGA的数据。研究肺腺癌(LUAD),整合scRNA-seq和传统...
两个月前我们更新了优秀的马拉松学员笔记:单细胞+芯片+转录组测序的数据挖掘文章一比一复现,内容非常详实,理论上该流程可以复用到然后一个癌症或者其它疾病,大纲也很清晰(单细胞数据分析本身往往是数据挖掘课题的一个环节而已),接下来继续更新另外一个癌症的复现,大纲不一样哦,大家一定要抽空刷完这波: 文章图表复现:...
1. 细胞分群注释 首先下载数据,文章中用了两个scRNA数据集,GSE154600和GES158937 普通点击下载太慢了,点进NCBI的FTP站点, 在linux上用axel下载会快很多 网页显示 把数据整理成下图标准格式就可以读取了 数据标准格式 library(Seurat) library(stringr) library(clustree) library(dplyr) library(GSVA) library(msigdb...
本次复现只是为了复现图表,数据不一定具有生物学意义(大家可以理解为凑图或者灌水) Step 1.单细胞数据处理 先下载好数据,一共4个样本就新建4个文件夹,名字命名成样本名,文件夹内带'GSM'开头的数据是下载的原始数据,重新复制一份,把文件名改成标准的read10x函数读入格式,一定注意名字不要写错。 一定要保证这3个...
两个月前我们更新了优秀的马拉松学员笔记:单细胞+芯片+转录组测序的数据挖掘文章一比一复现,内容非常详实,理论上该流程可以复用到然后一个癌症或者其它疾病,大纲也很清晰(单细胞数据分析本身往往是数据挖掘课题的一个环节而已),接下来继续更新另外一个癌症的复现,大纲不一样哦,大家一定要抽空刷完这波: 文章图表复现...
-, 视频播放量 7、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 扌戈课钾arg653, 作者简介 ,相关视频:单细胞双疾病联合bulk转录组测序GSEA富集分析CIBERSORT免疫浸润,转录组结果解读、转录组数据分析实操、WGCNA分析个性化数据,【整整600集】清
随后通过单细胞核转录组测序,鉴定到了需要关注的疾病相关细胞亚群。随后进行单细胞差异基因分析结合公共数据的挖掘,发现了TXNIP具有成为糖尿病治疗靶点的潜力。我们可以看出,整篇文章除了开头通过镜检和染色对组织环境进行检查,后续完全是单纯的生信分析。作者巧妙的使用了之前的研究数据,发现人和猪胰腺组织单细胞数据相关性...
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临床数据挖掘开卷!NHANES+UKB联合分析,双数据库揭示衰老与疾病相关性,13+SCI数据分析思路 杰哥的生信分析 1286 0 学会这一思路,1区纯生信SCI手到擒来!空间转录组+单细胞数据挖掘,0实验简单易复现! 杰哥的生信分析 507 2 不测序也能轻松拿下1区5+SCI,机器学习+单细胞分析,这生信分析思路就是香!生信分析公共...
理解单细胞转录组的测序本质,并了解到单细胞技术的未来突破方向; 掌握8 个单细胞领域的优质数据库使用并能自己下载数据完成全套的分析; 掌握单细胞领域的课题设计的技巧,并收获5 个数据挖掘思路; 掌握如何分三步完成一篇数据挖掘的文章。 图源:课程制作图片 ...