空间转录组,也称为 spatial gene expression,简称 ST-seq,是将转录组学,单细胞测序技术以及组织切片技术结合起来的技术。 传统的转录组可以得到基因的差异表达信息,单细胞转录组提供了更高分辨率的基因表达信息,可以分辨出不同细胞的类型,而空间转录组在此基础之上,还可以得到不同类型细胞的空间分布信息,分辨率进一步提...
第十四节:学习空间转录组数据的去卷积,重点学习SPOTlight、Cell2location【Nat Med】 第十五节:以Nature文章为例学习细胞互作,包括基于Python的CellPhoneDB、SpaOTsc、COMMOT,基于R语言的CellChat【Science】 第十六节:系统学习多切片空间转录组数据的对齐与整合,主要分为...
空间转录组数据探索:重点围绕“细胞组成-空间结构-区域功能”这一分析过程。 方向一、空间VDJ方向 细胞免疫疗法TCR-T和空间VDJ测序 一文汇总TCR-T细胞免疫疗法在肿瘤治疗的运用 10X空间转录组VDJ分析引入日程与临床免疫疗法 全球首篇FFPE空间转录组分析揭示了肾细胞癌中三级淋巴结构抗肿瘤机制 10X空间转录组技术创新之同...
使用表达芯片进行空间转录组文库制备。将完成了明场成像的芯片按照最佳组织透化时间进行组织透化,释放组织mRNA与芯片上的捕获序列结合,逆转录合成cDNA片段并标记空间位置,PCR扩增合成cDNA二链。通过碱性环境使cDNA变性将cDNA二链释放到液体游离环境,以cDNA二链为模板进一步扩增合成大量cDNA。将cDNA酶切打断成200-300bp的片...
图1、空间转录组技术路线 In situ hybridization (ISH) 原位杂交方法,采用荧光基团标记的探针来检测特定目标基因。针对短转录本序列进行探针的设计合成,与目标经过连续的杂交、成像、探针清洗等步骤。典型代表是seqFISH技术方法。ISH 技术使研究人员能够在其天然环境中直接观察 RNA 分子,而不需要从组织中提取细胞并进行非...
由下图可见,M20 Spatial在不同分辨率下均实现了空间转录组数据从5’到3’均一覆盖(图4-5),获得的转录组信息更加真实全面。 图4. 50㎛分辨率下,小鼠胚胎FFPE样本数据gene body 5’到3’覆盖度 图5. 15㎛分辨率下,小鼠嗅球FFPE样本数据gene body 5’到3’覆盖度 ...
通过空间转录组可以探讨生命科学中同类组织内部不同区域的功能特点及和细胞分布的异质性，从而对疾病进一步深入探究；可以识别同类细胞或者相同信号通路在不同组织器官的异质性；可以深入探究微环境中细胞和细胞的相互作用和信息交流。常见研究思路 在病理学家眼中，组织样本的肿瘤，基质，免疫细胞可以被轻松的鉴定，然而，...
图1. 空间转录组学鉴定脉络丛肥大细胞 案例2 转录因子PagMYB31正向调控杨树形成层活性和负向调控木质部发育 英文标题:Tranion factor PagMYB31 positively regulates cambium activity and negatively regulates xylem development in poplar 发表期刊:Plant Cell ...
总的来说,单细胞空间转录组分析就是使用带有空间Barcode的探针对切片进行测序,联合ScRNA-seq可以实现将高分辨率单细胞数据得到的细胞亚群映射到空间上来,进而推断不同亚群的功能、分化关系等。 单细胞空间转录组是继细胞通讯、CNV推断、轨迹分析外经常使用的单细胞下游分析...
Visium HD空间转录组是10x Genomics公司于2024年1月重磅推出的高分辨率空间转录组高通量测序技术。该技术一经推出，立即受到广泛关注。欧易生物作为提供10x Genomics产品科研技术服务的国内头部企业，来咨询Visium HD样本准备和各种技术细节问题的老师更是络绎不绝。为此，我们精心挑选和整理了与实验技术原理相关的九个经常...