SPASCER数据库是一个新的空间转录组数据,这个数据收录了来自43项研究中16器官的1082个数据集。同时,该数据库整合单细胞数据进行反卷积映射,可以进行提供空间单细胞的注释结果。 该数据库整合了人、小鼠、斑马鱼和鸡一共4种物种的空间转录组数据,除了在线查看,还可以下载标记基因表格、细胞互作信息以及发表的文章和数据。
1.STOmicsDB数据库 STOmicsDB(Spatial Tran Omics DataBase)是一个综合性的空间转录组数据库,可让研究人员轻松获取和共享空间转录组数据。 数据库链接: https://db.cngb.org/stomics/ STOmicsDB整合了221个经过手工筛选的数据集,涵盖了17个物种,并对这些数据集的细胞类型进行了注释。STOmicsDB的界面比较友好,只...
分享一个数据库,CROST, CROST应用标准化处理流程整合了182个高质量的空间转录组数据集,涵盖8个不同物种、35种组织类型和56种疾病的1033个子数据集。针对单个样本提供了全面的生物信息分析,包括空间变异基因(SVG)分析、细胞类型注释、空间相关性、空间共定位、通讯分析和功能注释等。CROST通过集成空间转录组、经典转录组...
因此,需要一个全面的癌症空间转录组资源,以交互式可视化和分析空间转录组数据。在此基础上,研究人员开发了一个集成的癌症空间组学资源(SORC,http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/SORC)。手动整理目前可用的17种癌症的空间转录组学数据集,包括269个切片上的722899个位点,将...
作者,Evil Genius 分享一个数据库,CROST, CROST应用标准化处理流程整合了182个高质量的空间转录组数据集,涵盖8个不同物种、35种组织类型和56种疾病的...
空间转录组数据库汇总 作者,Evil Genius 分享一个数据库,CROST, CROST应用标准化处理流程整合了182个高质量的空间转录组数据集,涵盖8个不同物种、35种组织类型和56种疾病的1033个子数据集。针对单个样本提供了全面的生物信息分析,包括空间变异基因(SVG)分析、细胞类型注释、空间相关性、空间共定位、通讯分析和功能注释...
空间转录组数据库如雨后春笋般冒出来了,今天我们要介绍的是CROST,该网站链接:https://ngdc.cncb.ac.cn/crost/ 科研人员搜集了来自NCBI、European Bioinformatics Institute (EBI) 、 China National Center for Bioinformation (CNCB)、Broad Institute Single Cell Portal、10× Genomics 、DNA Data Bank of Japan ...
在此,我们介绍了空间转录组数据库(STOmicsDB),这是一个用户友好的数据库,具有多种功能,包括搜索相关出版物和工具,公共数据集可视化,定制专业数据库,新数据存档和在线分析。当前版本的STOmicsDB包括涵盖12个物种的141个精选空间转录数据集,包括5,618篇空间多组学出版物和674个工具。db.cngb.org/stomics/ STOmics...
第一个单细胞空间转录组数据库 ” 2019年11月,来自中国科学院生物物理研究所高通量测序中心的研究人员发布第一个单细胞空间转录组数据库及数据在线可视化平台:SpatialDB,为研究组织的空间细胞结构提供了一个资源库,并可能为理解疾病中的细胞微环境带来新的见解。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。
1、 数据库概述 SORC是一个全面、便捷的平台,用于分析人类癌症的空间转录组数据,为TME内的细胞类型特异性分布提供了方法(图1A)。基于严格的数据整理和过滤,收集了82个数据集中17种不同癌症类型的269个组织切片,包括722 899个斑点(图1B)。SORC 为每个点提供细胞类型分析,与相应的 scRNA-seq 参考互补(图 1C)。