研究人员集成空间转录组学数据开发SORC,这是一个全面的人类癌症空间转录组学数据资源,它可以交互式地可视化每个肿瘤组织切片的形态特征。此外,SORC还提供了包括切片注释、SVGs鉴定、免疫细胞与肿瘤细胞共定位、功能分析和细胞间通讯在内的五大分析模块,涵盖了空间转录组学分析...
然而,专门的空间转录组学数据库是罕见的。在此,我们介绍了空间转录组数据库(STOmicsDB),这是一个用户友好的数据库,具有多种功能,包括搜索相关出版物和工具,公共数据集可视化,定制专业数据库,新数据存档和在线分析。当前版本的STOmicsDB包括涵盖12个物种的141个精选空间转录数据集,包括5,618篇空间多组学出版物和674...
近期空间转录组学数据的激增要求有一个用户友好的数据库系统,以便于数据访问、可视化和个人化分析。 已经开发了几个数据库,包括 SpatialDB、Aquila、SPASCER、SODB 和 STomicsDB,用于维护空间转录组学数据。 尽管它们为空间转录组学做出了宝贵的努力,但这些数据库存在一些重要的局限性和挑战。 例如,SpatialDB仅包含24个...
手动整理目前可用的17种癌症的空间转录组学数据集,包括269个切片上的722899个位点,将参考的scRNA-seq数据与大多数空间转录组学数据集进行了匹配。所有数据都被处理成统一的格式,并在数据库中可用。除此之外,SORC为每个片段提供了五个主要分析模块,以满足空间转录组学分析的主要需求。用户可以方便地查询、浏览、下载和...
空间转录组数据库如雨后春笋般冒出来了,今天我们要介绍的是CROST,该网站链接:https://ngdc.cncb.ac.cn/crost/ 科研人员搜集了来自NCBI、European Bioinformatics Institute (EBI) 、 China National Center for Bioinformation (CNCB)、Broad Institute Single Cell Portal、10× Genomics 、DNA Data Bank of Japan ...
在此基础上,研究人员开发了一个集成的癌症空间组学资源(SORC,http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/SORC)。手动整理目前可用的17种癌症的空间转录组学数据集,包括269个切片上的722899个位点,将参考的scRNA-seq数据与大多数空间转录组学数据集进行了匹配。所有数据都被处理成统一的格式,并在数据库中可用。除此之外,...
【空间转录组学数据库】 | CNGBdb-Question Time # CNGBdb上有哪些实用科学数据库?# 01/STOmicsDB 时空组学数据库 db.cngb.org/stomics/ 时空组学数据库(STOmicsDB)由深圳国家基因库和深圳华大生命科学研究院共同研发,致力于促进时空组学的数据探索和学术研究。其率先建立时空组数据归档标准,实现时空组学不同层次...
最近,四川大学团队发布了一个单细胞分辨率的空间转录组学数据库——SPASCER(https://ccsm.uth.edu/SPASCER),该数据相关文章发表在Nucleic Acids Res期刊(IF:19.160)。 SPASCER提供了空间转录组学的系统注释,包括 (i) 空间模型基因,(ii) 空间模型途径,(iii) 基因调控网络,(iv) 细胞-细胞相互作用 (v) 空间转...
空间转录组学的最新技术发展使研究人员能够在几乎单细胞水平上测量细胞的基因表达及其空间位置,从而对生物过程产生详细的生物学见解。然而,专门的空间转录组学数据库是罕见的。在此,我们介绍了空间转录组数据库(STOmicsDB),这是一个用户友好的数据库,具有多种功能,包括搜索相关出版物和工具,公共数据集可视化,定制专业...
01/STOmicsDB时空组学数据库 db.cngb.org/stomics/ 时空组学数据库(STOmicsDB)由深圳国家基因库和深圳华大生命科学研究院共同研发,致力于促进时空组学的数据探索和学术研究。其率先建立时空组数据归档标准,实现时空组学不同层次数据的整合...