STOmicsDB(Spatial Tran Omics DataBase)是一个综合性的空间转录组数据库,可让研究人员轻松获取和共享空间转录组数据。 数据库链接:https://db.cngb.org/stomics/ STOmicsDB中整合了221个经过手工筛选的数据集,涵盖了17个物种,并对这些数据集的细胞类型进行了注释。STOmicsDB的界面比较友好,只需输入关键词(例如...
因此,需要一个全面的癌症空间转录组资源,以交互式可视化和分析空间转录组数据。在此基础上,研究人员开发了一个集成的癌症空间组学资源(SORC,http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/SORC)。手动整理目前可用的17种癌症的空间转录组学数据集,包括269个切片上的722899个位点,将...
SPASCER数据库是一个新的空间转录组数据,这个数据收录了来自43项研究中16器官的1082个数据集。同时,该数据库整合单细胞数据进行反卷积映射,可以进行提供空间单细胞的注释结果。 该数据库整合了人、小鼠、斑马鱼和鸡一共4种物种的空间转录组数据,除了在线查看,还可以下载标记基因表格、细胞互作信息以及发表的文章和数据。
在此,我们介绍了空间转录组数据库(STOmicsDB),这是一个用户友好的数据库,具有多种功能,包括搜索相关出版物和工具,公共数据集可视化,定制专业数据库,新数据存档和在线分析。当前版本的STOmicsDB包括涵盖12个物种的141个精选空间转录数据集,包括5,618篇空间多组学出版物和674个工具。db.cngb.org/stomics/ STOmics...
近期空间转录组学数据的激增要求有一个用户友好的数据库系统,以便于数据访问、可视化和个人化分析。 已经开发了几个数据库,包括 SpatialDB、Aquila、SPASCER、SODB 和 STomicsDB,用于维护空间转录组学数据。 尽管它们为空间转录组学做出了宝贵的努力,但这些数据库存在一些重要的局限性和挑战。 例如,SpatialDB仅包含24个...
针对人类癌症的空间转录组数据库,CancerSRT汇集了14种癌症的46个数据集(共347个子集),以便研究肿瘤异质性及其微环境。用户不仅可以搜索和浏览数据集,还能进行多层次的深入探索,包括基因层次和细胞层次等。点击查看:CancerSRT数据库。 在资源丰富的科研数据库中,OmicShare作为一个生信平台,提供交互式工具和原创教材,已吸...
1、 数据库概述 SORC是一个全面、便捷的平台,用于分析人类癌症的空间转录组数据,为TME内的细胞类型特异性分布提供了方法(图1A)。基于严格的数据整理和过滤,收集了82个数据集中17种不同癌症类型的269个组织切片,包括722 899个斑点(图1B)。SORC 为每个点提供细胞类型分析,与相应的 scRNA-seq 参考互补(图 1C)。
空间转录组数据库如雨后春笋般冒出来了,今天我们要介绍的是CROST,该网站链接:https://ngdc.cncb.ac.cn/crost/ 科研人员搜集了来自NCBI、European Bioinformatics Institute (EBI) 、 China National Center for Bioinformation (CNCB)、Broad Institute Single Cell Portal、10× Genomics 、DNA Data Bank of Japan ...
该数据库整合了17 个物种的 221 个空间转录组数据库,如下所示: 数据库主要包含了四个模块: 资源中心模块:支持搜索文献、样本信息、多个样本和数据集的项目信息 数据提交模块:用户可以使用STOmicsDB提交多种数据类型,例如原始测序数据、空间转录组矩阵、注释文件、图像信息、以及下游分析结果,并且提供数据可视化服务。目...
作者,Evil Genius 分享一个数据库,CROST, CROST应用标准化处理流程整合了182个高质量的空间转录组数据集,涵盖8个不同物种、35种组织类型和56种疾病的...