空间转录组学(Spatial Transcriptomics)是在二维平面上定位mRNA-seq数据的技术。常规的转录组测序可以揭示mRNA的表达信息,但无法获得准确定位;常规的染色显影技术可以揭示特定组织区域的分子特征,但不包含准确、完整的mRNA表达谱信息。为了弥补这个技术缺憾,在一次实验中同时获取RNA的表达信息和RNA的空间位置,空间转录组学的...
单细胞以及空间转录组测序技术作为一种新兴的检测手段，能够帮助我们了解疾病的不同亚型，探究疾病的细胞组成、分化状态以及相关的细胞功能，了解免疫微环境的分子特征，以及筛选新的疾病标志物等。脑部单细胞以及空间转录组测序方面有丰富的经验，以下是脑部单细胞项目文章介绍，希望能够帮助大家进一步了解该技术在脑部相关疾...
空间转录组学(Spatial Transcriptomics)是在二维平面上定位mRNA-seq数据的技术。常规的转录组测序可以揭示mRNA的表达信息,但无法获得准确定位;常规的染色显影技术可以揭示特定组织区域的分子特征,但不包含准确、完整的mRNA表达谱信息。为了弥补这个技术缺憾,在一次实验中同时获取RNA的表达信息和RNA的空间位置,空间转录组学的...
从而简化Visium工作流程,让您能够从整张组织切片中获得全转录组空间分析数据,且兼容性扩大到FFPE或新鲜冷冻(FF)样本。 图1 Visium CytAssist 工作流程如图2所示,在普通玻片上进行的是FFPE组织切片的脱蜡、染色、成像、解交联和探针杂交,新鲜组织就是染色;然后,将两个普通玻片和一张含有2个捕获区域(6.5 mm x 6.5 ...
什么是空间转录组测序 空间转录组学(Spatial Transcriptomics)是指在组织切片上完成,保留样本空间信息的组学研究。空间转录组可展示组织切片中不同区域的基因表达情况,揭示精细病理区域中激活的信号通路,完成分子特征驱动病理特征的机制解析。空间转录组学完成了病理数字化结合病理影像化的技术革新,对于诊断标志物、耐药位点...
2、激光切割与NGS测序结合的策略 基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组,尽管其通量很低,但是在可以标记成千上万个单个细胞位置的多路复用条形码策略可行之前,将少量细胞的数据粗略地整合到构成器官的巨大背景中,可能具有一定价值。
空间转录组测序:将组织切片与转录组测序结合,实现空间信息和转录本信息的获取,是一种以空间的维度分析和描述特定细胞类型的表达谱,来了解器官、组织和病理状态之间的表达差异的技术 。相比于单细胞转录组,它提供了空间位置信息,为疾病研究提供更精准的研究方向,对深入理解疾病致病机理以及靶向治疗具有重要意义。
单细胞转录组测序(scRNA-seq)在剖析细胞异质性方面发挥了重要作用,目前已被作为研究关键生物医学难题的重要手段。但scRNA-seq在获取组织结构、细胞相互作用和功能状态所必需的空间背景方面仍存在不足。 为了解决这一挑战,空间转录组技术(Spatial transcriptomics, sST)应运而生,现在已经成为一种关键的补充方法,其可...
空间转录组测序 概述 在多细胞生物中,单个细胞的基因表达严格按特定的时间和空间顺序发生,即基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性可以通过对不同时间点的样本取材,使用单细胞转录组测序技术来解析时间维度上细胞类型和基因表达模式。空间特异性信息则相对较难
空间转录组可以结合显微成像和测序技术在获得基因表达数据的同时最大程度地保留样本的空间位置信息,使得研究人员能够发现更多有价值的东西。 实验步骤 1、对新鲜冷冻组织进行切片,并进行成像。 2、将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上,并进行固定和透化(使...