空间转录组,也称为 spatial gene expression,简称 ST-seq,是将转录组学,单细胞测序技术以及组织切片技术结合起来的技术。 传统的转录组可以得到基因的差异表达信息,单细胞转录组提供了更高分辨率的基因表达信息,可以分辨出不同细胞的类型,而空间转录组在此基础之上,还可以得到不同类型细胞的空间分布信息,分辨率进一步提...
这一篇我们来汇总一下最新的空间转录组的分析思路,这些方面目前都是‘荒漠’,是机遇,更是机会。 空间转录组的运用方向:转录、蛋白 ST需要解决的生物问题:细胞空间排布、邻域通讯、细胞“社区”等等 空间转录组数据探索:重点围绕“细胞组成-空间结构-区域功能”这一分析过程。 方向一、空间VDJ方向 细胞免疫疗法TCR-T...
Boyd 等人利用ST技术对肺损伤的相关基因进行空间定位,为研究病毒感染导致肺损伤的机制提供了新的视角.在肿瘤免疫学以及免疫治疗方面,空间转录组学技术也是一种具有很大潜力 的分析手段.例如 Wu等使用 Visium 平台对7名患者的21个组织标本进行空间转录组测序,结果表明不同肿瘤区域(癌区、癌旁和前沿)的免疫细胞具有高度...
第十四节:学习空间转录组数据的去卷积,重点学习SPOTlight、Cell2location【Nat Med】 第十五节:以Nature文章为例学习细胞互作,包括基于Python的CellPhoneDB、SpaOTsc、COMMOT,基于R语言的CellChat【Science】 第十六节:系统学习多切片空间转录组数据的对齐与整合,主要分为...
空间转录组数据探索:重点围绕“细胞组成-空间结构-区域功能”这一分析过程。 方向一、空间VDJ方向 细胞免疫疗法TCR-T和空间VDJ测序 一文汇总TCR-T细胞免疫疗法在肿瘤治疗的运用 10X空间转录组VDJ分析引入日程与临床免疫疗法 全球首篇FFPE空间转录组分析揭示了肾细胞癌中三级淋巴结构抗肿瘤机制 ...
使用表达芯片进行空间转录组文库制备。将完成了明场成像的芯片按照最佳组织透化时间进行组织透化,释放组织mRNA与芯片上的捕获序列结合,逆转录合成cDNA片段并标记空间位置,PCR扩增合成cDNA二链。通过碱性环境使cDNA变性将cDNA二链释放到液体游离环境,以cDNA二链为模板进一步扩增合成大量cDNA。将cDNA酶切打断成200-300bp的片...
通过空间转录组可以探讨生命科学中同类组织内部不同区域的功能特点及和细胞分布的异质性，从而对疾病进一步深入探究；可以识别同类细胞或者相同信号通路在不同组织器官的异质性；可以深入探究微环境中细胞和细胞的相互作用和信息交流。常见研究思路 在病理学家眼中，组织样本的肿瘤，基质，免疫细胞可以被轻松的鉴定，然而，...
图1. 空间转录组学鉴定脉络丛肥大细胞 案例2 转录因子PagMYB31正向调控杨树形成层活性和负向调控木质部发育 英文标题:Tranion factor PagMYB31 positively regulates cambium activity and negatively regulates xylem development in poplar 发表期刊:Plant Cell ...
Q4:空间转录组需要几个生物学重复 目前做空间转录组测序是可以不做生物学重复的,主要涉及以下两个原因。 首先,空间转录组技术现今还是属于新兴的技术之一,像转录组测序以及单细胞转录组测序等测序技术在刚出的前几年也都是不要求做生物学重复的,算是新技术的一个红利吧。
Visium HD空间转录组是10x Genomics公司于2024年1月重磅推出的高分辨率空间转录组高通量测序技术。该技术一经推出，立即受到广泛关注。欧易生物作为提供10x Genomics产品科研技术服务的国内头部企业，来咨询Visium HD样本准备和各种技术细节问题的老师更是络绎不绝。为此，我们精心挑选和整理了与实验技术原理相关的九个经常...