# row 和 col:该测序点在空间数据矩阵中的行和列位置。通常用于确定点在原始矩阵中的位置。 # imagerow 和 imagecol:该测序点在实际组织切片图像(即PNG图像)中的像素坐标,分别表示在图像中的行坐标和列坐标。这些坐标用于在组织切片图像上定位测序点的位置,从而将基因表达数据与空间位置关联起来。 class(sce_s[...
通过生成cDNA的逆转录反应引入空间条形码; 5.将带有条形码的分子混合后进行下游处理,制备出立即可测序的文库。生成的10x条形码文库与Illumina测序仪上的标准NGS测序兼容,能够实现整张组织切片的大规模转录分析; 6.测序数据中空间条形码序列将转录信息映射回组织切片中的起始位置,从而还原转录本在组织中的位置分布,实现基...
原始数据: 10X空间转录组测序文件(barcodes.tsv.gz, features.tsv.gz, matrix.mtx.gz) 细胞坐标文件(barcodes_pos.tsv) 基本分析流程: 0. 安装Seurat install.packages("Seurat")install.packages("dplyr")install.packages("patchwork") 没啥好说的,不安装怎么分析... 1. 导...
单细胞空间转录组分析流程学习(一):https://mp.weixin.qq.com/s/E4WuPokBOxKRbBF6CEB5aA 单细胞空间转录组分析流程学习(二):https://mp.weixin.qq.com/s/8AFeq50Dc91cI_6jdQZfFg 分析步骤 1.配置一个环境/安装必要软件 代码语言:javascript 复制 conda creadt-n scRNA_spatial python=3.9conda install-...
单细胞空间转录组分析流程学习(二) 本次使用GSE217414数据,包含4个结直肠癌肝转移患者样本数据,这个数据集的数据整理的挺好的,都做了归类。 1.导入 代码语言:javascript 复制 rm(list=ls())library(Seurat)#4.4.0library(SeuratData)#5.0.2library(tidyverse)library(sloop)library(ggplot2)library(patchwork)...
数据收集是空间转录组分析工作流程中的第一步。这涉及从在太空中进行的实验或在模拟微重力条件下进行的实验中收集基因表达数据。研究人员使用各种技术,如RNA测序和微阵列分析,生成基因表达谱。这些谱提供了在空间条件下不同组织和细胞类型的基因活动的快照。 Preprocessing the data is essential to ensure the quality...
默认的方法(method = 'markvariogram)是受Trendsceek的启发,Trendsceek将空间转录组数据建模为一个标记点过程,并计算一个' variogram ',该方法可以识别出其表达水平依赖于其空间位置的基因。更具体地说,这个过程计算伽马(r)值,测量两个相距一定“r”距离的点之间的依赖性。默认情况下,我们在这些分析中使用' 5 '...
植物空间转录组分析1:Seurat基本流程 - 简书 (jianshu.com) 植物空间转录组分析2:STEEL+Seurat - 简书 (jianshu.com) 植物空间转录组分析 3:hdWGCNA - 简书 (jianshu.com) 空间转录组是2022生命科学十大创新产品名单,因此将来会在生物学领域有非常大的应用空间,目前植物类的相关文章较少,在本次的系列教程中,...
空间转录组分析流程(使⽤Seurat对空间数据集进⾏分析)空间转录组分析流程(使⽤Seurat对空间数据集进⾏分析)因为每次打开这个⽹页都⾮常慢,所以我讲这个⽹页进⾏⼀个翻译,⽅便学习。使⽤Seurat对空间数据集进⾏分析,可视化和集成1、介绍本教程演⽰了如何使⽤Seurat(> = 3.2)分析空间分布的...
10x Genomics公司的空间转录组技术是目前应用最广泛的之一,下面是使用10x Genomics空间转录组技术的一般分析流程: 1.样本制备: 从组织样本中提取RNA,并进行质量检测。 将RNA反转录成cDNA。 使用10x Genomics公司的Visium芯片进行空间转录组实验。 2.数据采集: 将Visium芯片放入测序仪中进行测序。 测序完成后,得到原始...