特定基因集(S)①转录组分析得到的差异表达基因集②基因组分析中得到的某物种特有的基因集③基因家族收缩扩张分析得到的基因组中显著扩张/收缩的基因集常用的富集分析1.GO富集分析Gene Ontology（简称GO）是基因功能国际标准分类体系；研究差异基因在Gene Ontology中的分布状况并阐明实验中样本差异在基因功能上的体现。GO...
基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一种计算方法,用于确定事先定义的一组基因是否在不同的样品中差异表达。 GSEA首先将基因在样品中的差异倍数值(logFC)由大到小排序,然后判断来自功能注释等预定义的基因集或自定义的基因集中的基因是富集在这个排序列表的顶部还是底部,如果在富集顶部,则该基因...
可以从中获取大量的已知基因集合从而进行富集分析。 单基因富集 单基因富集分析并不是说拿单个基因来进行富集分析,一个基因根本没法进行统计检验。而是基于单个基因来抓取与其相关的基因,然后用这些相关的基因来进行功能富集,有两种方法:差异法和相关法。 差异法:根据给定的一个基因的表达值对样本进行分组,然后计算组间...
1为什么要做功能富集分析？组学数据得到的差异基因或者物质非常多，面对海量数据我们无法做到挨个研究、逐一验证来把待研究现象的机制解析清楚。通过富集分析我们可以把差异基因或者物质根据其功能进行归类，这样具有相似功能的基因或者物质就被放在一起，从而减少工作量，并可以实现功能和表型相关联。2什么是富集？富集表示...
萃取富集 萃取是一种常见的分离纯化技术,可用于将目标物质从溶液中转移到萃取剂中。在化学富集中,通常使用有机溶剂作为萃取剂,通过与水溶液中的目标物质发生物理或化学作用,将目标物质转移到有机相中。这种方法通常适用于水溶液中的无机离子、有机化合物和一些小分子化合物的富集。 吸附富集 吸附是将目标物质通过物理...
富集的概念 富集是指在某个空间内,某种物质或能量在特定条件下积累或聚集的过程。这种过程在自然界中很常见,如沉积作用、矿物富集、生物富集等。同时,人类的活动也会引起富集现象的出现,如工业废水中的有害物质富集、城市空气中的污染物富集等。 在环境保护方面,富集通常是一种不好的现象,因为富集的物质或能量往往...
3.2 富集气泡图 高级气泡图 可以对数据库富集的通路进行可视化,是富集常用的可视化图形之一,一般我们会挑选显著分析的前20左右的 pathway/term进行展示,这里以GO富集气泡图为例。 X轴:RichFactor,富集因子,是指前景基因集中属于这个term的基因的数量/背景基因集中富集在这个term中所有基因的数量; ...
富集分析可视化图形类型丰富,常见的有柱形图、气泡图、富集圈图、Z-score气泡图和网络图等几大类,适用的不同数据库结果的可视化,可以单个或组合图呈现。 三、玩转富集分析思路分享 转录组Omicsmart动态交互分析平台 1.功能强大的富集分析模块,满足个性化分析需求 ...