KEGG富集分析是一种基于KEGG数据库的生物信息学方法,用于识别实验数据中显著富集的生物学通路或功能模块,从而解释基因、蛋白质等分子在特
KEGG下属4个大类和17和子数据库,而其中有一个数据库叫做KEGG Pathway,专门存储不同物种中基因通路的信息,也是用的最多的一个,所以,久而久之,KEGG就被大家当做是一个通路数据库了。以下图为例,我们分别用GO的三大分类和KEGG Pathway中的实例向大家展示GO和KEGG在各自数据库中本来的样子。 03 如何做功能富集分析...
生物过程(Biological Process, BP),如细胞分化、DNA复制。📈 KEGG富集分析 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库资源。KEGG富集分析可以帮助我们理解差异基因在特定代谢途径或信号转导网络中的参与情况。0 0 发表评论 发表 作者最近动态 爱画画的小李头 2024...
如果是我们基迪奥客户可以直接在Omicsmart网站上,选择目标代谢集分析进行MetPA分析,切换KEGG和SMPDB数据库结果查看。MetPA具体原理和分析方法可以参考往期推文《多类型功能富集助力代谢研究锁定重要通路》。 图3 基迪奥Omicsmart网站上,可以直接进行KEGG和SMPDB的MetPA分析,支持切换查看对比,表格勾选通路绘图。 方法四 MSEA富...
📊 KEGG PATHWAY富集分析结果 KEGG PATHWAY富集分析的结果通常包括: 富集通路条形图 富集通路气泡图 各个通路差异表达基因的位置和上下调情况🔍 如何解读KEGG PATHWAY富集分析结果 图2:KEGG富集分析简介 图3:如何看KEGG富集分析结果——气泡图 图4:如何看KEGG富集分析结果——通路图...
一般来说我们做GO或者是KEGG富集分析,最少需要输入几十个基因才有可能富集到结果。但是很多情况下,我们手上可能只有一个候选基因,那么这个时候我们该如何进行GO和KEGG富集分析呢? 常见的方法有两种 1)找到跟这个候选基因有相互作用的其他基因,然后把这些基因一起拿去做富集分析。这个原理其实也很容易理解。一般来说,...
书接上回: R语言clusterProfiler包GO富集分析(enrichplot包、GOplot包和ggplot2绘图)通过某些方法(如差异基因、相关基因等)获得一批基因后,可以进行功能富集分析(包括GO和KEGG富集分析),以了解这些基因的…
1. KEGG富集分析的作用 在生物信息学分析过程中,KEGG通路富集分析常常应用于差异表达基因的功能注释,了解差异表达基因的相关功能与作用通路。 2. KEGG气泡图的解读 例如上图显示的是KEGG点状图,横轴GeneRatio表示对应pathway差异基因数/能够对应到pathway数据库中的差异基因数,即代表该pathway下的差异基因个数占差异基因...
KEGG通路富集分析的核心原理在于：当某一生物过程发生异常，具有相似功能的基因会呈现出更高的聚集性，形成特定的基因群。这些基因在富集分析中显著集中，暗示它们在所研究的生物过程中扮演着关键角色，并存在紧密的相互作用。以癌症研究为例，科学家们通过KEGG通路富集分析，发现多个与细胞增殖、凋亡调控相关的基因在肿瘤...