ggsave(kegg.dotplot.png,p2,width = width,height = height,dpi=300) } } }else{ print("No gene has been enriched in KEGG enrich analysis") } } 利用构建的go和Kegg函数进行通路富集分析 go.kegg.enrich.analysis=T if(go.kegg.en
以GO富集分析为例,GO富集分析的结果表格会自动保存在工作目录中,打开CSV格式的分析结果表格如下图。 2.使用Rstudio进行富集分析图形绘制 此外,DeepSeek按要求给出了TOP20显著富集的KEGG富集分析结果条形图的绘制方法,效果如下图。 同样,还给出了TOP20显著富集的KEGG富集分析结果气泡图的绘制方法。 此外,也给出了使用...
在R语言中进行KEGG通路富集分析,可以遵循以下步骤。以下代码示例使用了clusterProfiler包,这是一个广泛使用的R包,专门用于进行基因通路富集分析。 1. 准备输入数据 输入数据包括基因表达数据和基因注释文件。基因表达数据通常包含差异表达基因的列表,而基因注释文件则包含基因ID与KEGG通路的对应关系。 2. 加载并预处理数据...
收录于文集 生信培训 · 11篇微生信助力高分文章,用户230000,谷歌学术4500GO 科学科普 通路 R代码 KEGG 富集分析 Pathway clusterprofiler 基因本体论 分享至 投诉或建议评论 赞与转发目录 2 0 1 0 0 回到旧版 顶部登录哔哩哔哩,高清视频免费看! 更多登录后权益等你解锁...
GO和KEGG富集分析是生物信息学中常用的两种方法,用于研究基因的功能和通路。以下是详细的步骤和代码,帮助你理解这两种分析方法。 GO富集分析 📊 GO富集分析是一种确定一组基因列表在基因本体(Gene Ontology, GO)分类中的富集情况的方法。GO数据库定义了用于描述基因功能以及这些概念之间关系的概念/类别。它按照三个方...
接下来的美图太多,GO和KEGG的代码基本一致,我们只展示使用GO分析的结果绘图: #网络图emapplot(ego) 接下来的图片需要引入差异倍数log2FoldChange,所以我们先处理数据: go <- data.frame(Category = ego$ONTOLOGY,ID = ego$ID,Term = ego$Descript...
功能富集分析请看前面的教程:https://www.zhihu.com/zvideo/1452795543651545088 GO、KEGG功能富集分析 | 功能富集网络图、热图绘制(代码重新)
之前给大家讲了GOKEGG功能富集分析,但是对于如何挑选合适自己的通路进行呈现没有讲清楚,现在重新录制一期视频给大家讲解一下,获取代码方式还是老样子~~~冲冲冲知识 校园学习 零基础 KEGG分析 功能富集分析 研0必备 GOKEGG功能富集分析 医学生 R语言 GO分析 生信分析 生物信息学分析...
爱基百客云平台提供了一个直观易用的解决方案，可以实现零代码可视化GO/KEGG富集分析结果。具体方法如下：登录平台：用户可以通过点击“云平台”按钮轻松登录爱基百客云平台。访问富集分析小工具：在平台内，用户可以访问多种组学数据分析工具，其中包括专门用于基因富集分析的小工具。上传数据并设置参数：用户...
【保姆级教程】monocle2拟时序分析(下) 小碗爱科研 1:10:32 网络药理学教程-4.交集靶点,KEGG、GO、PPI 组学生信老胡 【小白必备】CellChat包进行细胞通讯分析(下) 小碗爱科研 16(附代码 )第一讲-单细胞测序拟时序分析精讲!带你零基础一键实现拟时序分析~~ ...