二、整理数据 DAVID富集分析结果可保存为.txt文件,然后用excel打开整理。 富集分析结果 其中%列代表 Fold Enrichment,注意画图前需要将表头的%更改为Fold_Enrichment 对结果进行排序 经过排序筛选后,复制需要绘图的数据(你所关注的通路),粘贴至新建的KEGG.txt文件和GO.txt中并保存。 三、ggplot包绘制KEGG气泡图 ###...
十分钟实现KEGG富集分析多元可视化 原理简介KEGG富集分析是一种生物信息学方法,用于解释和理解基因或蛋白质的功能和参与的代谢通路。该分析使用KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库中的注释信息,将研究… 生信果 桑吉气泡图 -- KEGG富集气泡图升级版,5维展示富集结果 微生信打开...
R语言学习——KEGG富集分析气泡图。🤗感兴趣的小伙伴们可以主页加群了解,和大家一起交流更多问题,需要示例数据加关注可以获取噢~👋有其他要求的同学可以根据你想要展示的内容进行添加或删除代码📈 #数据可视化 #气泡图 #科研狗的日 - 元气学姐Rina于20240629发布
Kegg通路或者GO本体论富集分析是基因功能注释最常见的分析,结果可以以多种形式展示,最常用的包括:条形图/bar图,气泡图/dot图等,其中气泡图输入数据一般包括以下4个维度的信息: 名字,富集倍数(或者gene ratio),P值,基因count。 例如: 4维分析结果 做出来的例图如下(微生信平台免费在线做气泡图) 富集气泡图 该图...
KEGG功能富集分析气泡图 “成分-靶点-通路”图 生化检测仪分析各组大鼠糖尿病相关指标的差异 8A. 24 hUTP;8B. Scr;8C. BUN;8D. 空腹血糖 ELISA试剂盒分析各组大鼠炎症因子水平 9A. TNF-α;9B. IL-1β;9C. IL-6 Nephrin和Podocin蛋白表达条带图 ...
可以基于KEGG数据库对差异代谢物进行代谢通路富集分析，有助于理解在差异样品中代谢途径变化机制。在一些高分文献中会使用高效的气泡图（Bubble图）来展示富集分析结果。气泡图属于散点图的一种，它是在散点图的基础上改变点的形状、大小和颜色，而富集分析气泡图就是在笛卡尔坐标系中加入数量、p值等参数表示三个变量...
# 富集气泡图 # BiocManager::install("openxlsx") library(ggplot2)#这个是一个非常厉害的绘图R包 library(openxlsx)#这个包是用来导入格式为XLSX的数据的 goinput <- read.xlsx("go-barplot.xlsx")#载入GO富集分析的结果文件 # 这里强调一下富集后的GeneRatio是以n/n这种形式的,需要换成小数形式,在excel中...
KEGG富集分析简单实现:使用R语言对基因列表进行功能途径的富集分析 春秋至 1.6万 23 GO富集分析简单实现:使用R语言对基因列表进行分子功能、细胞结构、生物过程富集分析 春秋至 1.5万 5 e嘉医 | 中药网络药理学:【24】专题五 富集分析-Metascape(二) e嘉医 1.7万 29 家人们来领代码啦~DAVID在线富集分析画...
气泡图 气泡图的制作相当复杂,如果手上有现成的文献使用了气泡图来表征功能富集分析的结果,也可以拿出来看一下。首先我们看x轴是Gene Ratio,对应的就是DAVID结果表格中的“%”一列;y轴是富集出来的通路或者GO Term;点的大小表示Gene数;点的颜色最为重要,代表P值的高低。
就是图A的KEGG通路分析富集气泡图 是怎么得出“靶点主要涉及磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)-丝氨酸苏氨酸蛋白激酶(Akt)、晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)、缺氧诱导因子-1(HIF-1)、MAPK信号通路和肿瘤蛋白多糖(proteoglycans,PGs)相关通路。”是根据气泡大小、颜色、x轴吗?我不明白它是怎么根据这个图得出这个结论的...