跟着文章学作图第六期——富集分析图。【富集分析图:揭秘物质表达的深层次信息】 🤔富集分析图以其丰富的信息量和直观的表现形式,在科研领域中扮演着不可或缺的角色。明天,我们将继续分享更多实用的科研绘图技巧,敬请期待!😀 - 元气学姐Rina于20240120
解锁火山图真谛! plot函数就能画火山图? 高级函数绘制火山图--ggplot2、ggpurb 经典富集分析及气泡图、柱状图绘制 气泡图绘制 柱状图绘制 富集分析圈图 富集分析弦图 绘制一张可以打动审稿人的桑基图 生存分析-- KM曲线图 基础PCA图 云雨图 韦恩图 环形互作网络图 相互作用网络图 聚类树美化 富集分析气泡图进阶版...
这个模块为 GO|KEGG 富集分析后结果的圈图可视化。 注意:这个模块需要先进行 GO|KEGG(联合logFC)的富集分析(不是 GO|KEGG 富集分析模块) 并保存结果后,此处的云端数据才会有结果记录,然后才能进行可视化的操作。右侧的基本参数中有 ID 列表输入框,可以将对应云端数据记录的富集分析表格中的感兴趣的 ID 列复制到...
一、富集条形图 富集条形图是一种常用的数据可视化工具,用于展示多组数据中的富集程度。它通常由一组条形图组成,每个条形图代表一组数据,条形高度表示该组数据中的富集程度。 富集条形图可以用于多种应用场景,如基因组学、蛋白质组学、代谢组学等领域。在基因组学研究中,可以用富集条形图展示某个基因家族在不同物...
富集分析工具出图类型非常丰富。以KEGG富集分析为例,除了富集分析结果表格,可视化图形还包括pathway注释统计图、富集条形图、富集圈图、富集气泡图等。优化后无需选择,默认提交即可get上述富集图形! 富集圈图 富集气泡图 富集条形图 如果提供了log2fc数据,并在参数当中选择了“包含”,结果还会得到z-score气泡图: ...
logFC代表相关基因差异表达分析中的logFC值 adj_pval代表GO term的矫正后p值 其中up,down,count,分别代表在相关GO term中上调,下调,总计的基因数 准备好上面的数据,就可以开始绘制各种GO富集分析图啦~ figure-1 GOBar GOBar(circ, display = 'multiple', ...
一文带你了解火山图、热图、富集分析图…📊为啥大神文章里的图表那么眩目?因为这些表对我们发文十分重要! 1️⃣火山图—— 火山图是散点图的一种,形状像喷发的火山。火山图常用于展现基因表达差异分析的结果,可以快速高效地鉴定组间有显著表达差异的 - 生信学不会
最近小Q在做自然选择分析,分析完之后简单粗暴的对候选基因做了富集分析,并做了展示,比起气泡图,我模仿了另一种作图方式,显示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R语言画富集分析示意图(非气泡图)。 画图思路 利用ggplot2+grid包进行画图,采用分面的思想作图。
2024-01-16 | 个性化的富集分析图 千万别加香菜关注IP属地: 黑龙江 0.1252024.01.16 09:39:04字数11阅读252 标新立异而已,打破常规 library(ggplot2) library(openxlsx) library(RColorBrewer) library(ggthemes) kegginput <- read.xlsx("kegg.xlsx") x=kegginput$logp y=factor(kegginput$Term, levels=...
最后来解读下这张代谢通路富集分析气泡图,纵坐标为代谢通路名称,横坐标为富集因子即差异代谢物占该pathway中总代谢物的比例,Rich factor越大说明富集程度越大;气泡颜色由绿到红表示p-value依次降低;气泡越大,说明富集到该pathway上的代谢物数目越多。结语 这期关于富集分析气泡图的分享就到这里结束了,请大家...