高级函数绘制火山图--ggplot2、ggpurb 经典富集分析及气泡图、柱状图绘制 气泡图绘制 柱状图绘制 富集分析圈图 富集分析弦图 绘制一张可以打动审稿人的桑基图 生存分析 -- KM曲线图 基础PCA图 云雨图 韦恩图 环形互作网络图 相互作用网络图 聚类树美化 富集分析气泡图进阶版 mantel test相关性图 词云图 瀑布图 ...
富集分析工具出图类型非常丰富。以KEGG富集分析为例,除了富集分析结果表格,可视化图形还包括pathway注释统计图、富集条形图、富集圈图、富集气泡图等。优化后无需选择,默认提交即可get上述富集图形! 富集圈图 富集气泡图 富集条形图 如果提供了log2fc数据,并在参数当中选择了“包含”,结果还会得到z-score气泡图: 除此...
用KOBAS进行特殊物种的GO,KEGG Pathway富集分析,并用微生信在线作图 7363 -- 6:06 App 微生信带渐变颜色条形图绘制教程 5636 -- 4:42 App 绘制具有从属关系(例如通路-基因,细胞-基因,物种组成等)的圆形网络图 4401 -- 5:12 App 微生信云平台圆形相关系数图绘制 3.2万 35 8:10 App 微生信平台聚类热图...
k: 用于分析的基因集中总的基因数目 p: 富集显著性值(FDR,多重假设检验校正后的p-value) log_odds_ratio: 富集比,具体见上面基础部分 富集分析泡泡图实际是一种散点图,这个图怎么绘制需要我们先理解这个图每一部分的含义。理解了图,剩下的就是把对应列的信息赋值到图上。 我们先把数据导入平台http://www.e...
对于图表下方的数据列表,我们可以勾选感兴趣的pathway,这样就可以仅以勾选的数据进行条形图的绘制。如果对默认的富集分析结果不满意,我们也可以点击开始交互分析按钮,重新设置差异倍数、FDR范围、差异分析软件等重新进行分析,具体的方法可参考《GO、KEGG富集分析结果不满意?试试这个在线工具》一文。
一、富集条形图 富集条形图是一种常用的数据可视化工具,用于展示多组数据中的富集程度。它通常由一组条形图组成,每个条形图代表一组数据,条形高度表示该组数据中的富集程度。 富集条形图可以用于多种应用场景,如基因组学、蛋白质组学、代谢组学等领域。在基因组学研究中,可以用富集条形图展示某个基因家族在不同物...
常规的GO或者KEGG通路富集分析结果通常以气泡图的形式展示,然而这个气泡图仅仅是一个比较的结果,如果想在一张图上展示多个比较的结果,就需要用到多组气泡图(图1,左侧)。 单细胞RNA-seq分析结果中,矩阵形式的气泡图可以很好地展示marker基因(X轴)在不同cluster(Y轴)中的表达情况(图1,右侧)。
本节所使用GSE1009数据集,已经用limma包进行差异分析,对DEGs做GO、KEGG富集分析;现对DEGs做DO(疾病本体)分析 GSE1009数据集介绍: 样本量:共6个样本,其中后3个为糖尿病肾病(DN)肾小球样本,前3个为正常肾小球样本。 使用芯片:Affymetrix Human Genome U95 Version 2 Array。
网络药理学实际操作(2/2),包含富集分析,GO和KEGG网络图的制作,ppi分析,C-T靶点成分疾病网络图制作。如有加急代做请联系主页微信~ 悲伤小猫炒板栗 4882 5 网络药理学 Part1.4 学会下载和安装R语言和R studio并安装常用韦恩图包和富集分析图包 小丑鱼在淡水 1280 1 网络药理学-Part5-pymol的基础使用教程(认...
| 第一节 条形图 富集分析可视化 | 第二节 气泡图 富集分析可视化 | 第三节 棒棒糖图 ...