首先点击生信工具盒——工具列表——定制化气泡图绘制工具,进入绘制气泡图页面。 接下来在表格区域输入数据,注意这个数据的信息排布与前一个工具有所不同,第一列YData输入富集途径(Description),第二列输入GeneRatio,第三列点大小输入Count,第四列点颜色输入P值,第五列点类型输入Class。 最后根据实际需求调整绘图参数...
富集分析气泡图是在笛卡尔坐标系中加入数量、p值等参数表示三个变量关系的图形。下图是2020年2月26日发表的Cell文献【1】的富集分析气泡图: 气泡图相较柱形图的优点是可以显示更加全面而详细的可视化富集分析结果:即显示参与富集通路的差异表达基因数量与对应的p值。 R语言ggplot2可以方便的绘制富集分析气泡图,那么不...
常规的GO或者KEGG通路富集分析结果通常以气泡图的形式展示,然而这个气泡图仅仅是一个比较的结果,如果想在一张图上展示多个比较的结果,就需要用到多组气泡图(图1,左侧)。 单细胞RNA-seq分析结果中,矩阵形式的气泡图可以很好地展示marker基因(X轴)在不同cluster(Y轴)中的表达情况(图1,右侧)。 图1.矩阵气泡图(...
GO富集分析简单实现:使用R语言对基因列表进行分子功能、细胞结构、生物过程富集分析 春秋至 1.5万 5 e嘉医 | 中药网络药理学:【24】专题五 富集分析-Metascape(二) e嘉医 1.7万 29 家人们来领代码啦~DAVID在线富集分析画气泡图! 小宁今天发Nature了吗 5204 5 中药复方网络药理学:7. 复方成分及其网络框架...
GO富集分析气泡图绘制 1. Metascape进行富集分析 Metascape是一个操作简单、功能强大的在线基因功能注释分析工具【2】,网址为:http://metascape.org/gp/。 在Metascape主界面依次提交差异基因序列、选择物种为H. sapiens、Express Analysis: 点击Gene List Report Excel Shee...
GO富集分析气泡图绘制 1. Metascape进行富集分析 Metascape是一个操作简单、功能强大的在线基因功能注释分析工具【2】,网址为:http://metascape.org/gp/。 在Metascape主界面依次提交差异基因序列、选择物种为H. sapiens、Express Analysis: 点击Gene List Report Excel Sheets下载分析报告: ...
> p = ggplot(pathway,aes(enrichFactor,Term_Name)) #以富集因子和pathway名称为X轴和Y轴 + geom_point(aes(size=GeneHitsInSelectedSet,color=-1*log10(Qvalue))) #点图大小和颜色数据 +scale_colour_gradient(low="green",high="red") #颜色变化 ...
GO富集分析气泡图绘制 1. Metascape进行富集分析 Metascape是一个操作简单、功能强大的在线基因功能注释分析工具【2】,网址为:http:///gp/。 在Metascape主界面依次提交差异基因序列、选择物种为H. sapiens、Express Analysis: 点击Gene List Report Excel Sheets下载分析报告: ...
之前的推文介绍了画柱形图展示富集分析的结果,今天的推文介绍一下画气泡图展示富集分析结果的代码。气泡图就是散点图的一个变种。多了一个变量映射给点的大小,富集分析里通常是用来映射基因的数量。比如下图 image.png 示例数据集还是之前的KEGG富集分析结果。这次可以分享示例数据集 ...
运行气泡图和绘制富集pathway时的报错如下：