>pathway=head(read.table("KEGG.enrichment.result.txt",header=T,sep="\t"),n=20) #读取数据前20行 > p = ggplot(pathway,aes(enrichFactor,Term_Name)) #以富集因子和pathway名称为X轴和Y轴 + geom_point(aes(size=GeneHitsInSelectedSet,color=-1*log10(Qvalue))) #点图大小和颜色数据 +scale_...
(中药-疾病-成分-靶点网络图)1 19:22 网络药理学-Part 3-GO与KEGG 富集分析(Metascape与DAVID数据使用收集数据) 14:05 网络药理学-Part 4-R语言绘制VENN图(疾病与成分交集靶点的韦恩图) 10:08 网络药理学-Part 4-R语言绘制GO与KEGG富集分析柱状与气泡图(ggplot进行GO与KEGG可视化分析) 16:07 网络药理学-...
气泡图就是散点图的一个变种。多了一个变量映射给点的大小,富集分析里通常是用来映射基因的数量。比如下图 image.png 示例数据集还是之前的KEGG富集分析结果。这次可以分享示例数据集 首先读入数据 dat<-read.table("kegg.txt", sep = "\t", header = T) colnames(dat) 1. 2. 3. 4. 5. 根据...
在对基因完成GO/KEGG分析后,使用气泡图可以直观的展示pathway、pvalue、count之间的关系。下面为使用R语言ggplot2包绘制气泡图所需的数据结构及代码: 由于笔者常使用read.csv读取文件,因此在第一列预留行名,建议实际操作时使用GOID以防止行名重复。 library(ggplot2) pathway = read.csv("down2.csv",header=TRUE,...
R语言ggplot2画气泡图展示富集分析的结果 之前的推文介绍了画柱形图展示富集分析的结果,今天的推文介绍一下画气泡图展示富集分析结果的代码。气泡图就是散点图的一个变种。多了一个变量映射给点的大小,富集分析里通常是用来映射基因的数量。比如下图 image.png...