特定基因集(S)①转录组分析得到的差异表达基因集②基因组分析中得到的某物种特有的基因集③基因家族收缩扩张分析得到的基因组中显著扩张/收缩的基因集常用的富集分析1.GO富集分析Gene Ontology（简称GO）是基因功能国际标准分类体系；研究差异基因在Gene Ontology中的分布状况并阐明实验中样本差异在基因功能上的体现。GO...
基于通路拓扑:上述两种方法将通路中的基因视为独立的,但是通路中基因之间具有紧密的互作关系,将这些信息考虑到富集分析中,比如,上游基因的改变对通路功能的影响比下游基因更大,所以,可以将基因的连接度以及调控类型信息以权重的方式加入富集分析当中。 Pathway-Express NetGSA topologyGSA DEGraph PathNet 等 基于网络拓扑...
这其实是大家不了解富集分析真正的原理所导致的。 富集分析基于超几何检验的方式来计算p值(显著性值),在图5的公式中,我们可以看到,通路中被富集到的基因数目“i”,仅仅只是公式中的一环,而决定这条通路是否显著富集还与多种因素相关。因此,在看富集分析结果图形时,我们应: 1.首先关注P值/FDR值,因为P值如果不...
一般GO富集分析后会看到这样的表格，第一列表示GO的三个levels，ID表示 GO数据库ID，Decription：表示该GO term的功能描述，GeneRAatio：富集到该term里的差异基因数/全部差异基因数，BgRatio：该term的全部基因数/该物种全部有GO注释信息的基因数，pvalue是p值，p.adjust表示矫校正过的p值，qvalue是q值，geneID表...
1. 富集分析 1.1. 富集分析概念 富集分析 富集分析,本质上是对数据的分布检验,如果分布集中在某个区域,则认为富集。 常用的分布检验方法有卡方检验、Fisher精确检验以及KS检验等方法。 生物信息学领域的富集分析 在背景基因集(N)下获得一组特定基因集(S),S可能是基因列表,表达图谱,基因芯片等形式。在预先构建好...
富集分析可视化图形类型丰富,常见的有柱形图、气泡图、富集圈图、Z-score气泡图和网络图等几大类,适用的不同数据库结果的可视化,可以单个或组合图呈现。 三、玩转富集分析思路分享 转录组Omicsmart动态交互分析平台 1.功能强大的富集分析模块,满足个性化分析需求 ...
在预先构建好基因注释数据库(例如GO,KEGG等)已对背景基因集(N)根据生物功能或过程进行分类的前提下,通过统计学算法找出有那些显著区别于背景基因集(N)的类别(生物组成/功能/过程),或者找出这组特定基因集间在生物组成/功能/过程的共性,经过聚类后去除冗余得到基因富集结果的过程,即为富集分析。 常用数据 其中,背景...
基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一种计算方法,用于确定事先定义的一组基因是否在不同的样品中差异表达。 GSEA首先将基因在样品中的差异倍数值(logFC)由大到小排序,然后判断来自功能注释等预定义的基因集或自定义的基因集中的基因是富集在这个排序列表的顶部还是底部,如果在富集顶部,则该基因...
一般GO富集分析后会看到这样的表格,第一列表示GO的三个levels,ID表示 GO数据库ID,Decription:表示该GO term的功能描述,GeneRAatio:富集到该term里的差异基因数/全部差异基因数,BgRatio:该term的全部基因数/该物种全部有GO注释信息的基因数,pvalue是p值,p.adjust表示矫校正过的p值,qvalue是q值,geneID表示富集到该...