方式一: 微生信绘制气泡图 01 数据获取 以Metascape富集分析结果为例,如下图所示:在Metascape网站完成富集分析后,点击Analysis Report Page,跳转至结果页面,找到Pathwayand Process Enrichment Analysis,复制以下表格,粘贴至Excel表格。 02 登录微生信网站 03在浏览器中输入微生信网址(http://www.bioinformatics.com.cn)...
气泡图是散点图的一种变体,一般的散点图反映的是两个连续变量之间的关系。而气泡图通常可以反映三个变量之间的关系,第三个变量一般体现在气泡的大小。当然,如果赋予气泡不同的颜色,那么也可利用其反映四个变量之间的关系。 在实际使用中,气泡图常用于展示基因富集分析的结果。本期使用R包gapminder中现有数据集,基于...
富集分析气泡图是在笛卡尔坐标系中加入数量、p值等参数表示三个变量关系的图形。下图是2020年2月26日发表的Cell文献【1】的富集分析气泡图: 气泡图相较柱形图的优点是可以显示更加全面而详细的可视化富集分析结果:即显示参与富集通路的差异表达基因数量与对应的p值。 R语言ggplot2可以方便的绘制富集分析气泡图,那么不...
常规的GO或者KEGG通路富集分析结果通常以气泡图的形式展示,然而这个气泡图仅仅是一个比较的结果,如果想在一张图上展示多个比较的结果,就需要用到多组气泡图(图1,左侧)。 单细胞RNA-seq分析结果中,矩阵形式的气泡图可以很好地展示marker基因(X轴)在不同cluster(Y轴)中的表达情况(图1,右侧)。 图1.矩阵气泡图(...
R语言学习——KEGG富集分析气泡图。🤗感兴趣的小伙伴们可以主页加群了解,和大家一起交流更多问题,需要示例数据加关注可以获取噢~👋有其他要求的同学可以根据你想要展示的内容进行添加或删除代码📈 #数据可视化 #气泡图 #科研狗的日 - 元气学姐Rina于20240629发布
最后来解读下这张代谢通路富集分析气泡图,纵坐标为代谢通路名称,横坐标为富集因子即差异代谢物占该pathway中总代谢物的比例,Rich factor越大说明富集程度越大;气泡颜色由绿到红表示p-value依次降低;气泡越大,说明富集到该pathway上的代谢物数目越多。结语 这期关于富集分析气泡图的分享就到这里结束了,请大家...
GO富集分析气泡图绘制 1. Metascape进行富集分析 Metascape是一个操作简单、功能强大的在线基因功能注释分析工具【2】,网址为:http://metascape.org/gp/。 在Metascape主界面依次提交差异基因序列、选择物种为H. sapiens、Express Analysis: 点击Gene List Report Excel Shee...
GO富集分析气泡图绘制 1. Metascape进行富集分析 Metascape是一个操作简单、功能强大的在线基因功能注释分析工具【2】,网址为:http://metascape.org/gp/。 在Metascape主界面依次提交差异基因序列、选择物种为H. sapiens、Express Analysis: 点击Gene List Report Excel Sheets下载分析报告: ...
GO富集分析气泡图绘制 1. Metascape进行富集分析 Metascape是一个操作简单、功能强大的在线基因功能注释分析工具【2】,网址为:http://metascape.org/gp/。 在Metascape主界面依次提交差异基因序列、选择物种为H. sapiens、Express Analysis: 点击Gene List Report Excel Sheets下载分析报告: ...
最后来解读下这张代谢通路富集分析气泡图,纵坐标为代谢通路名称,横坐标为富集因子即差异代谢物占该pathway中总代谢物的比例,Rich factor越大说明富集程度越大;气泡颜色由绿到红表示p-value依次降低;气泡越大,说明富集到该pathway上的代谢物数目越多。 结语 ...