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R语言学习——KEGG富集分析气泡图。🤗感兴趣的小伙伴们可以主页加群了解,和大家一起交流更多问题,需要示例数据加关注可以获取噢~👋有其他要求的同学可以根据你想要展示的内容进行添加或删除代码📈 #数据可视化 #气泡图 #科研狗的日 - 元气学姐Rina于20240629发布
之前的推文介绍了画柱形图展示富集分析的结果R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果,今天的推文介绍一下画气泡图展示富集分析结果的代码。气泡图就是散点图的一个变种。多了一个变量映射给点的大小,富集分析里通常是用来映射基因的数量。比如下图 image.png 示例数据集还是之前的KEGG富集分析结果。这次可以分享示例...
气泡图相较柱形图的优点是可以显示更加全面而详细的可视化富集分析结果:即显示参与富集通路的差异表达基因数量与对应的p值。 R语言ggplot2可以方便的绘制富集分析气泡图,那么不会编程的医学生该如何实现富集分析气泡图的绘制呢? 今天半夏就给大家分享0代码使用在线工具与Origin高效实现富集分析与气泡图绘制! 1 GO富集分...
R语言ggplot2可以方便的绘制富集分析气泡图,那么不会编程的医学生该如何实现富集分析气泡图的绘制呢? 今天半夏就给大家分享0代码使用在线工具与Origin高效实现富集分析与气泡图绘制! 1 GO富集分析气泡图绘制 1. Metascape进行富集分析 Metascape是一个操作简单、功能强大的在线基因功能注释分析工具【2】,网址为:http:/...
气泡图(bubble chart)与散点图类似,绘制时将一个变量放在横轴,另一个变量放在纵轴,而第三个变量则用气泡的大小来表示,可用于展示三个变量之间的关系,如生物狗常用的 — Pathway富集分析气泡图。 # 交互式文件夹选择,运行后依次打开文件夹,目的文件的路径被存在file里面 ...
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Library(readxl) #加载R包 pathway=read_xlsx("enrich.xlsx") #读取数据 pathway<-as.data.frame(pathway) #把数据转换成data.frame格式 ggplot(pathway,aes(RichFactor,Pathway,size=Count,color=Pvalue)+geom_point()+scale_color_gradient(low="red",high = "green")+labs(color=expression(Pvalue),...
这里使用到R中mtcars数据集绘制散点图, 以wt值为横坐标,mpg值为纵坐标来绘制。 ggplot(mtcars, aes(wt, mpg))+geom_point() 散点图中可以用size控制大小,shape控制形状。这里根据cyl字段设置点的形状和颜色,即将分组变量赋值给形状属性和颜色属性。