单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
常见的scRNA-seq数据分析图主要包括两大方面,一个是细胞层面的聚类效果图,另一个是基因表达相关的图。 一 细胞的聚类效果图UMAP/t-SNE Seurat提供了t-SNE和UMAP的降维功能,通过非线性的方法将细胞在高维度的拓扑结构映射到二维平面中, 在其可视化效果图中能将细胞群分成不同的集群,通过注释显示出不同的细胞类型。
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术已成为解开单个细胞内RNA转录物的异质性和复杂性,以及揭示高度组织化组织/器官/生物体内不同细胞类型和功能的组成的最先进方法。通过单细胞RNA测序,现在可以在一项研究中分析超过数百万个细胞的单细胞水平的转录组。这使我们能够在转录组水平上对每个细胞进行分类、表征和区分,从而识别出稀...
生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)工作流程解析 1. 单细胞的分离 如何获得单细胞,从而进行下一步的测序过程?具体有以下几种方法: 一、流式细胞仪(FACS)方法 常用的方法之一是使用流式细胞仪(FACS)方法进行分离。但是 FACS 也有缺点,首先需要较大的起始细胞量,同时可能导致有些孔中有两个,有些孔中没有...
单细胞RNA测序,通常简称为scRNA-seq。这项技术使研究人员能够深入了解单个细胞的基因表达模式,揭示了生物体内的细胞异质性和功能多样性。
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一种在单细胞水平对转录组进行测序分析的高通量测序技术,能够揭示细胞层面的基因表达差异,为研究细胞的异质性提供了有力手段。而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特...
单细胞转录测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上分析细胞特异性转录组的高通量测序方法。scRNA-seq 的工作流程包括单细胞捕获、mRNA 逆转录、cDNA 文库制备、高通量测序和数据分析。每种细胞类型都具有独特的转录组,可以呈现为特定的数据矩阵。scRNA-Seq逐渐成为研究细胞间转录组差异性,揭示细胞类型、亚型、状态和发展轨迹...
普通单细胞转录测序(scRNA-seq)分析主要依赖于编码基因表达进行细胞分型等分析,而研究表明相比蛋白编码基因,lncRNA具有更强的细胞特异性。在传统Bulk-seq检测中,在细胞亚群或单个细胞中的高表达lncRNA往往在组织水平表现为低表达。而单细胞lncRNA测序则可显著提升对细胞亚群特异性lncRNA的检测能力。
1.该研究采用单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq)技术,深入分析了食管鳞状细胞癌(ESCC)患者在接受新辅助免疫化疗(nICT)治疗前后的肿瘤微环境。 2. 研究发现CXCL13+CD8+ Tex细胞在治疗前的肿瘤中高度浸润,并且在治疗后表现出明显的前体耗竭表型,揭示了特定免疫细胞亚群与治疗反应之间的关联。