单细胞RNA测序技术详解:原理流程与步骤应用 单细胞RNA测序,通常简称为scRNA-seq,是一项革命性的生物技术,已经改变了我们对生命科学的理解方式。这项技术使研究人员能够深入了解单个细胞的基因表达模式,揭示了生物体内的细胞异质性和功能多样性。在本文中,我们将探讨单细胞RNA测序的意义以及它在生物研究中的应用。 一、...
二、单细胞RNA-seq扩增技术的选择 如果我们想了解不同细胞间的异质性,那么需要减少实验的 bias,推荐使用UMI 相应的技术,如果我们想了解 RNA 全长,包括 剪切位点 等信息,那么我们就需要选择包含全部转录长度的技术。 三、UMI计数 如果我们使用UMI 计数方法( UMI 计数,是指在建库过程中,通过在引物上,增加随机序列,...
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术已成为解开单个细胞内RNA转录物的异质性和复杂性,以及揭示高度组织化组织/器官/生物体内不同细胞类型和功能的组成的最先进方法。通过单细胞RNA测序,现在可以在一项研究中分析超过数百万个细胞的单细胞水平的转录组。这使我们能够在转录组水平上对每个细胞进行分类、表征和区分,从而识别出稀...
主要技术:单细胞转录组 导语 急性髓系白血病(AML)的微环境在不同亚型中展现出细胞和分子层面的显著差异。本研究中,我们采用单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)对儿童AML患者的骨髓样本进行分析,这些样本分别来自诊断(Dx)、诱导治疗结束(EOI)和复发阶段。通过对Dx和EOI阶段的scRNA-seq数据以及TARGET AML项目的RNA-seq数据...
图1 BaSSSh-seq 结合rRNA去除技术实现了细菌生物膜的单细胞RNA测序 2、主要结果 1.生物膜生长表现出广泛的转录异质性和代谢基因表达的下降 通过对生物膜和浮游生长状态的细胞转录组数据进行聚类分析,揭示了生物膜中比浮游生长状态更显著的转录多样性。在生物膜中,识别出了七个转录特征明显不同的细胞亚群。大多数这些...
图:snRNA-seq 相对于 scRNA-seq 技术具有较低的解离偏差。(A) tSNE 显示了 13 个细胞类群。(B) 不同类群的标记基因表达。(C) tSNE 显示每个平台的数据对所有集群的贡献。(D) 每个平台贡献的细胞百分比显示,与 snRNA-seq 相比,scRNA-seq 技术对足细胞、内皮细胞和夹层细胞的检出率非常低 (E) snRNA-seq(...
单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术作为一项革命性工具,在单细胞水平上对转录组进行分析,已经被广泛用于多个方面的生物医学研究,包括肿瘤异质性研究、新细胞类型的鉴定、组织发育与细胞分化过程研究和基因调控网络研究等。通过scRNA-seq获得高通量的单细胞转录组数据后,利用原位组织学验证是目前流行...
单细胞RNA测序（scRNA-seq）是揭示细胞异质性和复杂性的关键工具。通过这项技术，研究者能对大量细胞进行单细胞转录组分析，从而细致地分类、表征和区分不同细胞类型。以下是scRNA-seq的基本工作流程：1. 数据格式：scRNA-seq原始数据通常为FASTQ或BCL格式，前者需通过FastQC进行质量控制，后者则通过cell...
利用10x基因组学平台分别从原发肿瘤和肝转移瘤中制备单细胞RNA文库,测试了原发性小肠神经内分泌肿瘤与匹配的肝转移瘤的比较单细胞RNA测序(scRNA-seq)是否可以指导患者转移性疾病的治疗 单细胞转录组数据情况 数据链接是:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE140312 ...