单细胞 RNA 测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是一种在单细胞水平上利用 RNA 测序对特细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术。待测组织经过单细胞分离、RNA 提取、逆转录、文库构建和测序,便可利用数据分析获得多个细胞的基因表达谱。 1.单细胞测序与普通转录组测序的区别 普通转录组使用细胞混合物...
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
1.揭示细胞异质性:单细胞RNA测序帮助我们认识到即使在相同组织或器官中,不同细胞之间也可能存在显著的基因表达差异。这有助于理解细胞的特定功能和角色。 2.发现新的细胞类型:通过单细胞RNA测序,科学家们已经发现了一些以前未知的细胞类型,这为生物多样性研究提供了新的视角。 3.疾病研究:单细胞RNA测序可用于研究疾...
单细胞测序技术是在单个细胞水平上,对基因组、转录组和表观基因组水平进行分析测序技术。bulk RNA-seq获得的是组织或器官等大量细胞中表达信号的均值,无法获取细胞之间的差异信息(即丢失了细胞的异质性), 而单细胞测序技术可以很好的弥补bulk RNA-seq这一不足,即获取混合样本中细胞的异质性信息。
一、单细胞RNA-seq扩增技术的发展 利用单细胞进行 RNA-seq 是 Surani 实验室在 2009 年开发出来的,扩增的方法主要是使用将RNA pull down下来,然后使用polyT 引物反转录带 ployA 的 RNA,同时引物上含有特定的 anchor 序列。 研究人员借鉴了基于microarray用于 single cell sequence 的技术后,修改了一些实验条件(比如...
随着高通量单细胞RNA-seq测序技术的发展,scRNA-seq数据集的大小已经从单个细胞增长到数百万个细胞,如何将这些高维度的数据可视化也是生物信息一个重要的应用领域。这一期给大家介绍一些scRNA-seq文章中常见的图,希望给大家带来一些新的作图思路. 我们下面主要介绍的是R 包Seurat提供的作图功能。常见的scRNA-seq数据分析...
虽然Bulk RNA-seq 可以探索不同条件(例如治疗或疾病)之间基因表达的差异,但无法充分捕获到细胞水平的差异。例如,在下图中,如果进行Bulk分析(左),我们将无法检测到基因 A 和基因 B 表达之间的正确关联。但是,如果我们按细胞类型或细胞状态对细胞进行正确分组,我们可以看到基因之间的正确关联。
用于将 RNA-seq 读数解复用到细胞特异性 bin 中的计算工具使用各种诊断指标来过滤掉人工数据或低质量数据。 例如,存在多种去除环境 RNA 污染的方法 [Lun 等人,2019,Muskovic 和 Powell,2021,Young 和 Behjati,2020]、双峰检测 [Bais 和 Kostka,2019,DePasquale 等人,2019, McGinnis 等人,2019,Wolock 等人,201...
近几十年来,越来越多的研究使用RNA-seq数据探索了肺癌的潜在预后标志物,并提高了我们对肿瘤发生和进展的理解,但这些预后特征是基于RNA-seq数据,它无法检测肿瘤样本中确切的细胞和分子变化。单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够在单细胞水...