普通转录组测序(Bulk RNA-Seq)是提取组织、器官、群细胞的Total RNA进行测序,得到的是一群细胞中单个基因的平均表达水平,用来比较不同个体或同一个体的不同组织间的表达差异,但对内部细胞异质性较强的系统,如肿瘤组织,很多异常细胞的基因表达的信息会丢失,但是成本较低,技术成熟、通量高。 单细胞转录组测序是在单个...
单细胞测序能够获取组织中不同类型细胞的表达特征构建参考矩阵,通过反卷积的方法解析大样本量的 bulk RNA seq 数据。基于反卷积方法,对 bulk RNA seq 样本的表达谱进行分解,精确分析组织中细胞组成及比例,其基本原理是基于样本的表达矩阵和各类型细胞表达参考矩阵,通过反卷积算法推断组织中各类型细胞所占的比例。 关于...
首先,癌症基因组图谱 (TCGA) 中 PN GBM的RNA测序 (RNAseq) 数据和来自内部队列的继发性高级别神经胶质瘤 (HGG) 的 RNA 测序 (RNAseq) 数据检查了 CXCR4 表达与存活以及 MES 标记物表达之间的相关性;接着对公开可用的单细胞的RNA测序 (scRNAseq) 数据进行了细胞类型特异性 CXCR4 表达分析;最后,在24-72小...
1. 提取RNA:从样品中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等。 2. RNA库构建:将提取的RNA进行反转录,并通过PCR扩增,构建成RNA-seq文库。 3.测序:将文库通过高通量测序技术测序,得到大量的RNA序列数据。 4. 数据分析:对RNA序列数据进行质量控制、比对到基因组和转录组、基因表达量计算和差异分析等。 单细胞测序技术...
(转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细胞测序不同于传统的高通量测序,它是对于一个细胞群中的某一个细...
结论:整合的单细胞和批量RNA测序分析揭示了iCAF相关的特征,可以预测BCa免疫治疗的预后和反应。此外,枢纽基因LOXL2可能作为BCa治疗的有希望的靶标。 |过程 1. scRNA-seq 分析突出了 iCAF 在 BCa 中的作用 如图1A 所示,根据标记 COL1A1,确定了十个簇,其中两个簇被注释为 CAF。我们根据先前报告的标记(PDGFRA 和...
scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支，所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证，基于表达模式相关性，利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估，明确单细胞测序分析结果的准确性，或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& scRNA-seq有哪些？在文章中是如何应用的？No.1...
单细胞测序能够解决 Bulk 测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。但是,很多单细胞研究文章,往往不只是采用单细胞测序一种技术,而是联合 Bulk 测序联合,共同解决问题。那为什么单细胞测序和 Bulk RNA-seq会联合一起做呢?
联合分析Bulk RNA-Seq与单细胞测序数据，可对肿瘤组织内的细胞群进行鉴定与细分，探究不同细胞群间基因表达的异质性，并获取与肿瘤相关的细胞群、通路、转录因子及特征基因集。对于三阴乳腺癌患者，通过单细胞测序发现不同的细胞亚群，如CTL、MyCAFs、iCAFs、dPVL和imPVL，并分析其特征基因集与免疫逃逸的...
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...