普通转录组(bulk RNA-seq)是生物组织样品中在某个时间对应的所有mRNA转录情况,可以作为组织或者样品某个时刻状态的重要指标。然而,不同物种、组织以及处理都会造成mRNA表达情况的改变,从而调控机体的生命活动和改变细胞功能。与蛋白质相比较,mRNA的稳定性和易检测性大大促进了转录组技术的应用和发展。但是普通转录组测...
scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支，所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证，基于表达模式相关性，利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估，明确单细胞测序分析结果的准确性，或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& scRNA-seq有哪些？在文章中是如何应用的？No.1...
(Bulk测序,全称为大规模RNA测序(Bulk RNA-seq),是一种高通量基因表达分析技术,用于研究生物体内的转录组学)虽然通过对细胞或细胞核进行纯化分离,能部分的克服存在的问题,但是这些方法高度依赖已知的细胞标志物分子,而实际上很多细胞特异的标志物并不清楚。单细胞测序技术不依赖于纯化特定的细胞群体,它们主要有三大特征...
1. Bulk RNA-seq：描述：Bulk RNA-seq 是一种常规的转录组测序技术，用于测量一个细胞群体的总RNA。...
真核转录组测序:转录组是特定物种、组织或细胞在特定生理状态下转录的所有RNA的集合,包括mRNA和ncRNA,qizhong lncRNA(long non-coding RNA)是一类长度超过200nt的ncRNA,通过多种方式在表观遗传、转录及转录后水平发挥调控作用。全转录组测序在研究mRNA的同时,能够发现大量的lncRNA,并对其表达水平和转录本结构进行分析...
1. 细胞数量:对于bulk RNA-seq,通常至少需要10^3到10^4个细胞。然而,对于一些稀有细胞类型或者当细胞群体非常同质化时,可能需要更多的细胞来获得代表性的数据。 2. 细胞纯度:如果细胞纯度不高,可能需要更多的细胞来确保测序结果的准确性。 3. 测序深度:所需的测序深度也会影响细胞数量。深度越深,可能需要的细胞...
研究提出了一种空间解卷积算法—Bulk2Space，首次实现将Bulk转录组重构至单细胞空间分辨率。https://www.nature.com/articles/s41467-022-34271-zBulk2Space的设计理念 01 Bulk2Space算法分为反卷积和空间映射两个步骤。批量RNA-seq数据是通过对细胞混合物进行测序获得，而scRNA-seq则预先标记单个细胞，但是这两种方法...
Bulk RNA-seq）是提取组织、器官、群细胞的Total RNA进行测序，用于分析组织或细胞总体的RNA组成。该...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单个细胞水平进行高通量转录组测序的一项新技术,能够有效解决细胞异质性以及组织转录组测序(bulk RNA-seq)被掩盖的细胞群内转录组异质性难题。该技术有助于发现新的稀有细胞类型,深入了解细胞生长与分化过程中的表达调控机制。然而,在进行scRNA-seq测序的细胞解离过程中不仅存在与细胞应...
世界上没有两片相同的叶子。对于多细胞生物来说，细胞与细胞之间是有差异的。当然了，这个差异可大可小。但是当老师的样本存在下图这样一个情况，组织中不同细胞的基因和蛋白表达不同，为了检测组织中蛋白或mRNA的表达水平，老师们可以通过Western blot和PCR或Bulk RNA-seq来实现。但是用上述方法的话，老师们并没有...