scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支，所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证，基于表达模式相关性，利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估，明确单细胞测序分析结果的准确性，或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& scRNA-seq有哪些？在文章中是如何应用的？No.1...
转录组测序(bulk RNA-Seq)分析主要包括上游数据处理,下游数据分析。 上游数据处理是指将测得的原始的reads变成基因表达矩阵。 下游数据分析是指对表达矩阵根据生物学问题和意义进行可视化分析。 一 上游数据处理 1.质量控制:对原始测序数据进行质量评估,检查测序质量指标如序列长度分布、测序错误率等,确保数据的准确性和...
(转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细胞测序不同于传统的高通量测序,它是对于一个细胞群中的某一个细...
前言中，探讨了基于Bulk RNA-Seq与单细胞/空间转录组测序在疾病研究领域的应用。熙宁生物和精翰生物作为关注行业前沿的科研单位，结合传统Bulk RNA-Seq方法与单细胞/空间转录组测序技术，旨在深入研究特应性皮炎的分子机制。通过整合单细胞测序的细胞类型注释信息与Bulk RNA-Seq的数据分析，从炎症与免疫角度...
bulk RNAseq:3月龄小鼠(n=3)和22月龄小鼠(n=3) 研究背景 衰老会导致肺功能下降,也是全球第三大死亡原因——慢性肺病发展的主要危险因素。本文作者使用单细胞转录组学和基于蛋白质组学的质谱分析(mass spectrometry-based proteomics)来量化年轻和年老小鼠肺部30种细胞类型的细胞活性状态变化。作者发现,衰老会导致转...
转录组测序（bulk RNA-Seq）的详细分析流程转录组测序分析分为两个主要阶段：上游数据处理和下游数据分析，它们各自包含一系列步骤以揭示基因表达的深度洞察。上游数据处理首先，进行质量控制，通过fastqc和multiqc评估数据的准确性和可靠性，关注序列长度分布和测序错误率等指标。接着，使用trim-galore预处理...
3. 比对,生成bam文件:“将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对对参考基因租组” /home/glab/Shanyr/software/hisat2-2.1.0/hisat2 -p16-x ../../../bulk_rnaseq/jky-z001/refdata-cellranger-hg19-3.0.0/genes/genome_tran -1../neg/neg_R1.fq.gz -2../neg/neg_R2.fq.gz -S ../neg/neg...
流式或LCM样本具体是对某个细胞类型或者亚型区域的样本进行普通转录组测序(bulk RNA-seq),所以该方法得到的测序数据就是代表单个细胞类型或者组织区域的基因表达特征数据,所以普通转录组与单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据的关联分析主要就是结果的相互验证和双维度的诠释细胞/基因的表达机制。
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...