新一代转录组测序 RNA-Seq (RNA-sequencing) RNA-Seq也称为转录组测序，是最新发展起来的利用新一代测序技术进行转录组分析的技术，可以全面快速地获得特定细胞或组织在某一状态下几乎所有转录本的序列信息和表达信息，包括编码蛋白质的mRNA和各种非编码RNA，基因选择性剪接产生的不同转录本的表达丰度等。在分析转录...
转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
该方法最初是为小RNA- seq设计的,首先从片段的RNA中去除3 '磷酸盐基团,并添加5 '磷酸盐基团。 随后,使用截断的RNA连接酶II依次连接5 '腺苷化的3 '接头,使用RNA连接酶I连接5 '接头。5 '和3 '接头之间的序列保留了RNA链。 虽然实现简单,但由于5 '端和3 '端序列对连接步骤的影响,这种方法存在很大的偏差。
RNA-seq实验流程图 1. RNA样品检测 采用分子生物学先进设备检测RNA样品的纯度、浓度和完整性,以保障使用合格的样品进行转录组测序。 2. RNA文库构建 样品检测合格后,进行文库构建,主要流程如下: (1) 用带有Oligo(dT)的磁珠富集真核生物mRNA; (2) 加入Fragmentation Buffer将mRNA进行随机打断; ...
而RNA-seq技术则是近年来兴起的一种高通量测序技术,逐渐替代了传统的microarray技术,成为了研究转录组学的主流方法之一。 二、RNA-seq的原理 1. 测序库构建 在进行RNA-seq实验之前,首先需要构建测序库。通常采用聚合酶链式反应(PCR)或者DNA和RNA的逆转录(Reverse Transcription)来将RNA转录成双链DNA,并添加barcode...
真核无参转录组测序(RNA-seq)采用Illumina测序平台,对真核生物特定组织或细胞在某个特定状态下转录的所有mRNA进行测序,拼接出最长的转录本为unigene,以unigene为参考序列进行后续分析,为研究无参考基因组物种的转录水平变化提供有力的技术手段。 应用方向 无参物种基因组组装 对于无参考基因组的物种,对转录组测序数据...
ALL是儿童最常见的恶性肿瘤,占癌症的26%,转录组测序(RNA-seq)对于对于儿童ALL驱动融合基因的检测发挥了重要作用,然而,RNA-seq在表达谱、结构变异的检测的临床价值还有待研究,尤其是对传统方法未找到驱动融合基因或者难以分子分型的儿童ALL患者,下面分享一篇发表于...
总RNA适用于研究全转录组表达水平的变化,而mRNA主要用于研究特定基因的表达。 二、测序方法 RNA测序通常分为以下几个步骤: 1.文库制备:将RNA样品转录为cDNA,进行文库建立。可以使用聚合酶链反应(PCR)扩增cDNA,以增加测序信号。 2.测序平台选择:根据实验需求和预算,选择合适的测序平台,如Illumina HiSeq、Ion Torrent...
转录组测序(RNA-Seq)的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。新一代高通量测序技术能够全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs或SSR)等生命科学重要问题。