新一代转录组测序 RNA-Seq (RNA-sequencing) RNA-Seq也称为转录组测序，是最新发展起来的利用新一代测序技术进行转录组分析的技术，可以全面快速地获得特定细胞或组织在某一状态下几乎所有转录本的序列信息和表达信息，包括编码蛋白质的mRNA和各种非编码RNA，基因选择性剪接产生的不同转录本的表达丰度等。在分析转录...
转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
转录组测序(RNA-Seq)是一种通过高通量测序技术分析生物体内所有RNA分子(包括mRNA、非编码RNA等)的表达水平、结构和变异的方法。其基本原理是通过提取样本中的总RNA,然后将其转化为cDNA(互补DNA)并进行测序。RNA-Seq不仅可以定量分析基因的表达水平,还能检测基因的剪接变异、转录本的结构、基因突变等。 总RNA提取:首先...
RNA-seq实验流程图 1. RNA样品检测 采用分子生物学先进设备检测RNA样品的纯度、浓度和完整性,以保障使用合格的样品进行转录组测序。 2. RNA文库构建 样品检测合格后,进行文库构建,主要流程如下: (1) 用带有Oligo(dT)的磁珠富集真核生物mRNA; (2) 加入Fragmentation Buffer将mRNA进行随机打断; ...
RNA-seq,全称转录组测序技术,简单来说就是用高通量测序技术来分析RNA的表达水平。这个技术能告诉你哪些基因在表达,哪些没有,还能告诉你它们表达的水平有多高。RNA测序最常用来分析差异表达基因(DEG),也就是在不同条件下基因表达量的变化。那么,什么是转录组呢?简单来说,转录组就是某个物种或者特定细胞类型在某一...
ALL是儿童最常见的恶性肿瘤,占癌症的26%,转录组测序(RNA-seq)对于对于儿童ALL驱动融合基因的检测发挥了重要作用,然而,RNA-seq在表达谱、结构变异的检测的临床价值还有待研究,尤其是对传统方法未找到驱动融合基因或者难以分子分型的儿童ALL患者,下面分享一篇发表于...
RSEM软件包 RSEM (RNA-Seq by Expectation-Maximization) http://deweylab.github.io/RSEM/ 安装: conda install-c bioconda rsem Trinity软件包 安装: conda install-c bioconda trinity 正文1.构建参考基因组 a. 参考基因组.fa及注释文件.gtf的下载
真核无参转录组测序(RNA-seq)采用Illumina测序平台,对真核生物特定组织或细胞在某个特定状态下转录的所有mRNA进行测序,拼接出最长的转录本为unigene,以unigene为参考序列进行后续分析,为研究无参考基因组物种的转录水平变化提供有力的技术手段。 应用方向 无参物种基因组组装 对于无参考基因组的物种,对转录组测序数据...
而RNA-seq技术则是近年来兴起的一种高通量测序技术,逐渐替代了传统的microarray技术,成为了研究转录组学的主流方法之一。 二、RNA-seq的原理 1. 测序库构建 在进行RNA-seq实验之前,首先需要构建测序库。通常采用聚合酶链式反应(PCR)或者DNA和RNA的逆转录(Reverse Transcription)来将RNA转录成双链DNA,并添加barcode...