首先,通过scRNA-seq(图2A)和scATAC-seq(图2B)分别鉴定了不同的细胞亚群:记忆B细胞(MBC),浆细胞(PC)和前体浆细胞/浆细胞母细胞(prePB/PB)。接着对scRNA-seq和scATAC-seq数据进行了整合分析,结果显示两组学数据集在MBC和PC阶段具有的良好的重叠(图2CD)。而来自ATAC-seq数据集的近一半的prePB未被预测为prePB,...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一种在单细胞水平对转录组进行测序分析的高通量测序技术,能够揭示细胞层面的基因表达差异,为研究细胞的异质性提供了有力手段。而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特...
单细胞转录组测序是一种用于研究单个细胞基因表达的高通量测序技术。可以对单个细胞的RNA进行测序,从而可以了解到细胞种群的异质性和细胞间的差异性。通过单细胞转录组测序,可以深入了解单个细胞的基因表达特征,揭示细胞异质性、发现新的亚型、研究细胞发育和分化过程、探索细胞类型和功能等。 技术原理 单细胞RNA-seq 技...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够在单细胞水平上测量基因表达,并揭示单个细胞或同源细胞类型中基因表达的异质性。 方法 1. 肺癌的scRNA-seq数据集来自之前的研究-Single-cell RNA sequencing reveals distinct tumor microenvironmental pat...
scRNA_seq:单细胞转录组测序简介 欢迎关注”生信修炼手册”! 在传统的测序技术中,上机测序的样本是由多个细胞构成的,最后分析得出的结论也只是基于所有细胞的平均水平,但是我们知道细胞是具有异质性的,对于大脑等复杂组织而言,其细胞类型是多样的;对于肿瘤细胞而言,其细胞异质性更是尤为突出,为了克服细胞异质性的影响,...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)研究揭示了山羊、小鼠和人类颗粒细胞和鞘细胞的异质性。然而关于关键发育事件、颗粒细胞异质性、功能注释和复杂的体细胞-卵母细胞相互通讯的基本问题在单细胞分辨率水平上仍未得到充分解决。此外不同类型颗粒细胞之间的通讯变化研究仍然有限,尤其是在家畜研究中。猪作为重要家畜和研究人类生殖...
| 单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq),也称为单细胞 RNA 测序,是在单细胞水平对转录组进行测序的一项新的颠覆性技术,是研究单个细胞内基因表达的强有力的工具,可以解决在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题,让解析单个细胞的行为、机制及其与...
近年来,单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技术得到了蓬勃的发展,从而使得可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况,非常有利于研究细胞间的表达异质性。目前单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)已经广泛应用于各类物种(特别是人、小鼠等)的不同类型组织和细胞系,包括正常和病变细胞等。自从...
传统的是测一群细胞(Bulk RNAseq),然后我们定量是基于所有细胞内的基因平均表达量进行统计,这样得到的是组织之间的差异性,也就是说只能看到大体的趋势,但是对于继续深入研究还是存在比较大的背景噪音。对于癌症或者系统发育相关的研究,往往是想看到某些特殊的细胞发挥的作用,也是相当于一步步筛选。
关于单细胞测序,我们已经知道了它和bulk RNA-seq的区别,简单说就是scRNA体现异质性(个体),bulk体现平均程度(总体),因此利用bulk RNA不能区分一个样本中的不同细胞类型 scRNA&bulk RNAseq 做scRNA的最大的好处就是可以"对症下药"(当然这也是最理想的情况=》什么细胞配合什么种类或者剂量的药物) ...