单细胞转录测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上分析细胞特异性转录组的高通量测序方法。scRNA-seq 的工作流程包括单细胞捕获、mRNA 逆转录、cDNA 文库制备、高通量测序和数据分析。每种细胞类型都具有独特的转录组,可以呈现为特定的数据矩阵。scRNA-Seq逐渐成为研究细胞间转录组差异性,揭示细胞类型、亚型、状态和发展轨迹...
前言: 单细胞测序目前分两种,一种是以10x为代表的3' based的测序,本质上是polyA尾巴去捕获,只能测3'末端,无法获取全长信息;第二种是以寻因生物开发的全序列单细胞测序,本质是以random primer去捕获mRNA, 是理论上可以获得全长mRNA测序信息的测序手段。 既然是全序列单细胞测序,那么除了可以可以用varscan做突变分...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术已成为解开单个细胞内RNA转录物的异质性和复杂性,以及揭示高度组织化组织/器官/生物体内不同细胞类型和功能的组成的最先进方法。通过单细胞RNA测序,现在可以在一项研究中分析超过数百万个细胞的单细胞水平的转录组。这使我们能够在转录组水平上对每个细胞进行分类、表征和区分,从而识别出稀...
⚠️但是fastq文件不一定是 单细胞 RNA-SeqFASTQ 文件是一种通用的测序数据格式,广泛应用于各种类型的测序实验,包括但不限于: 常规的 RNA-Seq(转录组测序) DNA-Seq(基因组测序) ChIP-Seq(染色质免疫沉淀测序) 单细胞 RNA-Seq(如 10x Genomics 平台生成的单细胞测序数据) 全外显子组测序、小片段测序等...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一种在单细胞水平对转录组进行测序分析的高通量测序技术,能够揭示细胞层面的基因表达差异,为研究细胞的异质性提供了有力手段。而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特...
单细胞RNA测序,通常简称为scRNA-seq,是一项革命性的生物技术,已经改变了我们对生命科学的理解方式。这项技术使研究人员能够深入了解单个细胞的基因表达模式,揭示了生物体内的细胞异质性和功能多样性。在本文中,我们将探讨单细胞RNA测序的意义以及它在生物研究中的应用。
近几十年来,越来越多的研究使用RNA-seq数据探索了肺癌的潜在预后标志物,并提高了我们对肿瘤发生和进展的理解,但这些预后特征是基于RNA-seq数据,它无法检测肿瘤样本中确切的细胞和分子变化。单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够在单细胞水...
单细胞RNA测序,简称scRNA-seq,是一种让科学家能够研究混合群体中单个细胞中基因表达的技术, 而混合群体是所有细胞在人体组织中的存在的方式。 做为单细胞测序技术大家族的一部分,scRNA-seq涉及捕获单个细胞的RNA,并在多次分子转化反应后,对其进行测序。由于RNA是从DNA基因到蛋白质的中间步骤,它提供了一个关于特定细胞...
细胞很多,每个细胞的基因也有很多,那么那些基因才是有意义的呢?需要一些统计手段来把这些基因识别出来,这就是差异表达分析,针对单细胞测序(特别是scRNA-seq)数据的特点,已经开发的算法和软件见下图: 差异分析常用工具 mark基因识别 通过差异分析来识别每个cluster下的标记基因,将该cluster下的细胞作为一组,其他cluster下...