单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一种在单细胞水平对转录组进行测序分析的高通量测序技术,能够揭示细胞层面的基因表达差异,为研究细胞的异质性提供了有力手段。而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的飞速发展使人们对组织中细胞种类、细胞的特殊状态有了深入认识。 但是,scRNA-seq对于器官或者固体组织制备的细胞悬液的细胞活性和细胞数目有着较高的要求… 伯豪生物发表于单细胞测序... protocol:提取RNA,逆转录和RT-qPCR 大纲:首先是收集细胞或者研磨碎的组织,加入trizol提取RNA,然后...
请注意,在之前关于scRNA-seq的细胞聚类过程中,我们顺带完成了不同细胞簇的注释;而对于scATAC-seq来说,对于聚类结果是很难进行注释的——这也是该技术的一大缺陷。 但是,我们可以通过两个数据集之间的整合分析,将scRNA-seq得到的注释结果转移到scATAC-seq的聚类结果上,这种方法被称为标签转移(label transfer)。不过,...
scRNA-seq是一种流行且功能强大的技术,可分析大量单个细胞的整个转录组。然而对这些实验生成的大量数据的分析需要专门的统计和计算方法。 2020年12月,来自英国威康桑格研究所和澳大利亚墨尔本大学的研究团队在《Nature Protocols》杂志发表综述:scRNA-seq测序数据的计算分析指南,为分析scRNA-seq数据的实验者提供了实践指南,...
从测序仪中得到的常见原始测序数据有二进制式的BCL 或FASTQ 文件。对于BCL文件需要先转化为FASTQ格式,然后进行QC,Demultiplexing,通过基因组比对和定量得到count matrix。主要步骤包括有: · Read QC:获取原始数据后的第一步就是要检查数据质量;fastqc是大家比较熟悉的工具, 可以用于bulk RNA-seq 和scRNA-seq。
scRNA-seq测序数据的计算分析指南 scRNA-seq是一种流行且功能强大的技术,可分析大量单个细胞的整个转录组。然而对这些实验生成的大量数据的分析需要专门的统计和计算方法。 2020年12月,来自英国威康桑格研究所和澳大利亚墨尔本大学的研究团队在《Nature Protocols》杂志发表综述:scRNA-seq测序数据的计算分析指南,为分析scRNA...
scRNA-seq是一种流行且功能强大的技术,可分析大量单个细胞的整个转录组。然而对这些实验生成的大量数据的分析需要专门的统计和计算方法。 2020年12月,来自英国威康桑格研究所和澳大利亚墨尔本大学的研究团队在《Nature Protocols》杂志发表综述:scRNA-seq测序数据的计算分析指南,为分析scRNA-seq数据的实验者提供了实践指南,...
scDC是一种新的统计方法,用于对 scRNA-seq 数据进行差异细胞类型组成分析。scDC通过偏差校正和加速自举置信区间,捕获与每个受试者的细胞类型比例相关的不确定性。它使用 bootstrap 重采样来估计与细胞类型比例估计相关的标准误差,并通过 GLM 和 GLMM 模型执行显著性检验。具体处理步骤如下图所示: ...
基本上我都是需要在现有代码的基础上才可以做一些事情,跑过一个GEO数据挖掘(数据下载--数据调整和清洗--ID转换--差异分析--注释),并绘制过一个简单的火山图和M-A图。 背景知识:大概了解测序原理,数据类型和数据解读。 到底需要多久才能学会看懂一个单细胞转录组的数据分析结果 ...