单细胞 RNA 测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是一种在单细胞水平上利用 RNA 测序对特细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术。待测组织经过单细胞分离、RNA 提取、逆转录、文库构建和测序,便可利用数据分析获得多个细胞的基因表达谱。 1.单细胞测序与普通转录组测序的区别 普通转录组使用细胞混合物...
5. 单细胞RNA-seq的数据挖掘 单细胞 RNA-seq 为我们了解组织的组成等提供非常好的工具,而单细胞测序的效果也取决于我们到底测多少细胞,一般而言几百个细胞的单细胞测序不仅仅捕获常见的细胞成分,也会捕获稀少类型的细胞。由于 RNA 降解,细胞的凋亡和实验误差等原因,一些数据将会被排除,不纳入数据分析环节,因此初始...
1.揭示细胞异质性:单细胞RNA测序帮助我们认识到即使在相同组织或器官中,不同细胞之间也可能存在显著的基因表达差异。这有助于理解细胞的特定功能和角色。 2.发现新的细胞类型:通过单细胞RNA测序,科学家们已经发现了一些以前未知的细胞类型,这为生物多样性研究提供了新的视角。 3.疾病研究:单细胞RNA测序可用于研究疾...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术已成为解开单个细胞内RNA转录物的异质性和复杂性,以及揭示高度组织化组织/器官/生物体内不同细胞类型和功能的组成的最先进方法。通过单细胞RNA测序,现在可以在一项研究中分析超过数百万个细胞的单细胞水平的转录组。这使我们能够在转录组水平上对每个细胞进行分类、表征和区分,从而识别出稀...
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
技术原理 首先,作者开发了一种利用点击化学(AGTuC)的全基因组转录组测序方法,是一种基于细胞群的新生RNA测序方法,通过3′-(O-propargyl)-NTPs选择性标记新生RNA,偶联5′端带有AzScBc基团的DNA PCR handle,逆转录RNA-DNA偶联物并制备NGS文库。为了能够将该方法更好的应用于单细胞测序,作者进一步优化AGTuC实验条件,...
单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单细胞水平对转录组进行测序的一项新技术,可以研究单个细胞内的基因表达情况,同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,让解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实。 图1.单细胞转录组的发展...
近年来,单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)在揭示复杂生物系统和探索遗传学及临床研究中取得了突破性进展。然而,仅依赖单一的转录组信息往往难以区分分子相似但功能差异显著的细胞类别。因此,融合多种模态信息的单细胞测序技术逐渐成为研究热点,通过同时获取单个细胞的多维数据,研究人员能够更全面地解析细胞状态及其功能互作。然...
cRNA-seq 发展概述 单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq)这项技术是由Tang et al.[1]在2009 年首次发表,但是由于测序的成本和当时有限的protocols,直到2014年scRNA-seq才得到广泛普及 [2]。近年来,随着单细胞测序技术的日渐成熟,以及以10x Genomics 为代表的生物公司将其商业化之后,这项技术也被愈来愈多的应...
由于基于ployA捕获的scRNA-seq的不足,目前对非编码RNA的研究还普遍只能使用传统的Bulk lncRNA测序(即对整个组织进行RNA提取然后开展测序)。 图2 目前大部分scRNA-seq技术建立在捕获ployA RNA的基础上 但基于Bulk的传统组学检测,会给非编码RNA的分析带来一系列误差,这里以ceRNA分析为例子。ceRNA效应通常指的是:当两...