单细胞 RNA 测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是一种在单细胞水平上利用 RNA 测序对特细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术。待测组织经过单细胞分离、RNA 提取、逆转录、文库构建和测序,便可利用数据分析获得多个细胞的基因表达谱。 1.单细胞测序与普通转录组测序的区别 普通转录组使用细胞混合物...
1.揭示细胞异质性:单细胞RNA测序帮助我们认识到即使在相同组织或器官中,不同细胞之间也可能存在显著的基因表达差异。这有助于理解细胞的特定功能和角色。 2.发现新的细胞类型:通过单细胞RNA测序,科学家们已经发现了一些以前未知的细胞类型,这为生物多样性研究提供了新的视角。 3.疾病研究:单细胞RNA测序可用于研究疾...
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
5. 单细胞RNA-seq的数据挖掘 单细胞 RNA-seq 为我们了解组织的组成等提供非常好的工具,而单细胞测序的效果也取决于我们到底测多少细胞,一般而言几百个细胞的单细胞测序不仅仅捕获常见的细胞成分,也会捕获稀少类型的细胞。由于 RNA 降解,细胞的凋亡和实验误差等原因,一些数据将会被排除,不纳入数据分析环节,因此初始...
单细胞测序技术是在单个细胞水平上,对基因组、转录组和表观基因组水平进行分析测序技术。bulk RNA-seq获得的是组织或器官等大量细胞中表达信号的均值,无法获取细胞之间的差异信息(即丢失了细胞的异质性), 而单细胞测序技术可以很好的弥补bulk RNA-seq这一不足,即获取混合样本中细胞的异质性信息。
cRNA-seq 发展概述 单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq)这项技术是由Tang et al.[1]在2009 年首次发表,但是由于测序的成本和当时有限的protocols,直到2014年scRNA-seq才得到广泛普及 [2]。近年来,随着单细胞测序技术的日渐成熟,以及以10x Genomics 为代表的生物公司将其商业化之后,这项技术也被愈来愈多的应...
在阅读文献时,我们经常会看到有些课题组使用了单细胞RNA测序(scRNA-seq),有些则使用了单细胞核RNA测序(snRNA-seq)。一字之差,似乎也暗藏玄机。尽管这两种技术的原理相似,但它们各有优势,因此适合不同的应用。本文讨论了scRNA-seq和snRNA-seq的各个方面,也介绍了如何为您的研究选择合适的方法。
单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单细胞水平对转录组进行测序的一项新技术,可以研究单个细胞内的基因表达情况,同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,让解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实。 图1.单细胞转录组的发展...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的飞速发展使人们对组织中细胞种类、细胞的特殊状态有了深入认识。但是,scRNA-seq对于器官或者固体组织制备的细胞悬液的细胞活性和细胞数目有着较高的要求,这也意味着 “躺在”超低温冰箱中的大量珍贵临床样本(脑组织...
由于基于ployA捕获的scRNA-seq的不足,目前对非编码RNA的研究还普遍只能使用传统的Bulk lncRNA测序(即对整个组织进行RNA提取然后开展测序)。 图2 目前大部分scRNA-seq技术建立在捕获ployA RNA的基础上 但基于Bulk的传统组学检测,会给非编码RNA的分析带来一系列误差,这里以ceRNA分析为例子。ceRNA效应通常指的是:当两...