功能入口：左侧菜单栏【计算方案】->【大方案】->【分子动力学】->【分子动力学（Amber 20）】步骤 提交任务 1. 上传分子结构 上传Amber的拓扑文件和坐标文件。坐标文件可以是：由【准备Amber文件】生成的inpcrd文件；上一次计算产生的rst文件；轨迹分析生成的pdb文件（只要原子坐标数目与拓扑文件对应）。2. 设置...
值得一提的是,Nosé-Hoover热浴在特定体系中会表现出病态行为,近年来发展了一些改进方法,例如:Optimized Isokinetic Nose-Hoover chain(OIN)和Stochastic Isokinetic Nose-Hoover RESPA integrator(详见Amber 20的手册第346页及相关文献)。 Amber支持上述斜体标示...
值得一提的是,Nosé-Hoover热浴在特定体系中会表现出病态行为,近年来发展了一些改进方法,例如:Optimized Isokinetic Nose-Hoover chain(OIN)和Stochastic Isokinetic Nose-Hoover RESPA integrator(详见Amber 20的手册第346页及相关文献)。 Amber支持上述斜体标示的恒温器。 恒压器(barostat) 在NPT系综里,需要采用恒压...
3 分子动力学模拟 本示例中,在工作目录下创建IN目录,创建的运行脚本(.in)文件均存储于此目录下。 3.1至3.4均创建了.in脚本以指明运行所需的参数,3.5中通过输入以上创建的脚本完成分子动力学模拟的计算 …
填写Amber mask(详见【分子动力学模拟(Amber 20)】中的预备知识),指定受体或配体。 在本例中,受体为1-266号残基,配体为267号残基。因此,有下图所示两种写法。 当体系包含更多成分时,对受体、配体的划分需要特别注意。例如,体系包含蛋白、辅酶、有机...
分子动力学模拟前的准备工作 1 假设已经安装好了软件 2 从uniprot下载一个alphafold2预测的结构进行学习 3 对蛋白进行一些处理 pdb4amber -i input.pdb -o output.pdb -y -d -s :Cl- -s :Na+ 4 输入tleap进入界面,然后 source leaprc.protein.ff14S… ...
Amber教程：分子动力学模拟详解在进行分子动力学模拟时，首先在工作目录下创建IN目录，存放运行脚本（.in）文件。核心步骤包括预处理（最小化）、升温、平衡和最终MD模拟。预处理阶段，针对复杂结构，采用“逐步放开”法，对水分子与溶液离子、氨基酸侧链以及整个体系进行最小化，查看输出能量以确认优化效果。
AMBER力场,由Peter Kollman课题组开发,是在生物大分子模拟中广泛应用的一个重要分子力场。最初,AMBER力场主要用于计算蛋白质和核酸体系,其力场参数数据来自实验值。随着应用的扩展,Kollman及其团队不断丰富AMBER力场的内容,逐步发展成一个适用于生物大分子、有机小分子以及高分子模拟的全面力场体系。RESP电荷方法,即...
本期微视频教程以软件内置实例为大家演示在Discovery Studio 中如何完成蛋白-配体复合物的分子动力学模拟操作。 建议关注微信公众号【叮当学术】查看对应图文教程~
我们模拟一个简单的蛋白水溶液体系，可在适当的情况下模拟其他不同溶剂中的蛋白质或其他分子，只要有合适的力场参数即可。首先使用editconf模块定义盒子的大小，输入以下命令：gmx editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic 上述命令会将蛋白置于立方体盒子的中心（-bt cubic）...