分子动力学||小分子插入细胞膜(以维生素C分子为例) 唯理计算 精于计算,诚于服务 3 人赞同了该文章 在做小分子穿透细胞膜的动力学模拟中,需要把小分子插入细胞膜的水层中,从而研究小分子是怎样进入细胞膜的过程,那么本期将给大家介绍如何将小分子插入细胞膜中。
进一步地,作者利用分子动力学模拟,追踪指定原子N (His 18)、S (Met 80)、C (Pro 30)的相对距离变化,观察了不同pH条件下酶活性位点的结构变化,以探究Cyt c@cmCOF-TATP活性增强的机制。研究结果显示,在pH 4.0条件下,Cyt c@cmCOF-TATP活性位点残基侧链的RMSD值最小(见图3a),这可能是由于在低pH环境中Cyt c...
在做小分子穿透细胞膜的动力学模拟中,需要把小分子插入细胞膜的水层中,从而研究小分子是怎样进入细胞膜的过程,那么本期将给大家介绍如何将小分子插入细胞膜中。 以维生素C分子为例: 在CHARMMGUI > Ligand Reader & Modeler 模块中生成维生素C的拓扑文件,下载解压并拷贝其中的ligandrm.pdb 到指定文件下; 参考建立...
分子动力学模拟 分子动力学是一门结合数学、物理和化学的综合技术,该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动,并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。使用DS进行分子动力学模拟,通过在预定时间段内保持温度、体积和压力参数恒定,可以确定复合物中原子的运动,研究复合物的稳定性。结果显示,...
由于平面有序性和分子共价键的形成,Graphullerene的热传输性能明显提高,室温下导热系数2.7 W m–1K–1,是C60晶体的~9倍。此外,Graphullerene面内导热系数也表现出各向异性,沿富勒烯间共价键方向(b方向)导热性能最佳,与分子动力学模拟结果一致。 Graphullerene的热传输特性。图片来源:Nature ...
本项研究以TASK3通道为模型,结合结构生物学、电生理与分子动力学模拟,揭示了钾离子通道C-型门控受环境刺激调控的分子机制,阐明了TASK3通道特殊的C-型失活构象、质子感受器及其依赖质子化状态稳定C-型失活构象的结构基础,为靶向K2P...
摘要: 本文根据碳原子系统的经验性模型势,描述碳原子之间的相互作用.在此基础上应用分子动力学方法模拟了 C60—C60碰撞过程,对碰撞产物的结构进行了讨论和分析.关键词:分子动力学方法 碳原子 碰撞过程 相互作用势能 模拟 原子数 模型势 径向分布函数 原子团簇 相对运动动能 年份: 1994 收藏 引用 批量引用...
近日,郑州大学杨龙华博士带领研究团队利用分子动力学模拟和量子簇模型计算,对 ba3型 CcO 质子泵作用机制中可能是质子加载位点的关键残基以及催化中心上方和内部水的功能进行了深入探索。 该工作首先对构建的一组关键残基(Asp287、Asp372、His37...
图2PAA树脂及碳化产物的FT-IR (a), XPS (b-d)和分子动力学模拟(e)。其中,C-1300°C和C-3000°C表示在1300°C和3000℃热处理条件下的碳材料 图3PAA树脂的TG-DSC-MS (a)、宏观照片(b)、SEM (c- e)、HR-TEM (f-h)、XRD (i)和高密度C/C复合材料的Raman-mapping(j) ...