之后我们便可以使用AmberTools对配体应用GAFF力场了,利用tleap生成配体的prmtop和inpcrd文件。依次输入以下命令: tleap -s -f oldff/leaprc.ff99SB >source leaprc.gaff >LIG = loadmol2 ligand_resp.mol2 >check LIG >loadamberparams ligand.frcmod >saveoff LIG ligand.lib >saveamberparm LIG ligand.prmto...
创建复合物拓扑文件即合并配体与蛋白的gro文件,将配体MOL_GMX.gro的内容添加到protein_processed.gro的末尾,并修改第二行的原字数(原原子数目+配体分子原子数目的总原子数),另存为complex.gro文件。 使用VMD查看complex.gro,检查结构是否合理。 使用VMD查看complex.gro复合物结构 蛋白的限制势itp文件在pdb2gmx时已经...
在进行AMBER+GAFF力场下蛋白-配体复合物的分子动力学模拟时，需要使用到Gromacs软件和.mdp参数文件，这些文件可从Gromacs官网下载。接下来，我们将按照以下步骤进行模拟：首先，处理蛋白质结构文件，通常从PDB数据库中下载的文件需要进行预处理，包括加氢、删除结晶水和辅因子、补全缺失残基等。使用pdb2gmx工具...
然后利用tleap模块生成配体、蛋白以及复合物的拓扑文件和模拟初始文件。首先调用tleap tleap 然后在tleap窗口中分别加载小分子、蛋白质和溶剂所需要的力场参数 sourceleaprc.protein.ff14SB sourceleaprc.gaff sourceleaprc.water.tip3p 其中protein.14SB指定蛋白质力场,gaff指定小分子力场,tip3p指定水分子模型。 然后生成...
分子动力学模拟 MMGBSA以及分解自由能计算 结果处理 加氢 (1) 获取蛋白蛋白对接后的复合物结果文件或从RCSB蛋白晶体结构数据库下载蛋白蛋白复合物结构文件。 (2) 将蛋白蛋白复合物在H++网站上进行加氢处理,并对体系中的组氨酸进行修改。 蛋白单体拆分 将蛋白蛋白复合物拆分成两个蛋白文件 protein_a.pdb 和 protein...
操作:将EPE.top中[ atomtypes ]—>[ dihedrals ] ; propers含有的所有信息复制到#include “amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp”之后:(如下图) 最后修改: 上述操作结束,构建了整个复合物的力场及坐标文件,即可根据教程依次实现蛋白-小分子的动力学模拟 ...
一、配体结构获取: 配体结构由iqmol或者高斯view手动绘制; 绘制好后另存为pdb或mol2文件待用; 可根据RCSB网站直接下载; 二、血红素-配体复合物分子对接: 1. 对接软件选择: 薛定谔(收费,无授权,仅在cpp电脑上有) chai_lab(免费,需要科学上网,要排队,在线版,普通邮箱注册即可,需要自己绘制SMILES字符) ...
Amber是美国加州大学Peter Kollman等开发的一款著名的分子动力学模拟软件包。Amber主要适用于蛋白质,小分子和多糖等生物分子体系的模拟。 本文所需的所有文件请在https://github.com/Xinheng-He/ti_toturial上下载。 该应用场景解决将蛋白口袋内的小分子A变为小分子B所产生的相对自由能变。
直接使用xleap产生该结构的top crd后,再使用ambpdb重新产生structure即可加上侧链mber中生成小分子模板(转)第一步:生成小分子模板蛋白质中各氨基酸残基的力参数是预先存在的,但是很多模拟过程会涉及配体分子,这些有机小分子有很高的多样性,他们的力参数和静电信息不可能预存在库文件中,需要根据需要自己计算生成模板。
与GROMACS偏重生物大分子模拟的力场不同,AMBER支持很多方便处理有机小分子的力场(详见http://sobereva.com/115),如GAFF力场,简单而又有不错的精度,适合处理有机小分子;这里将介绍用Gaussian计算RESP电荷,交由Amber生成GAFF力场下的拓扑文件,最后用GROMACS模拟的过程。