肽结构构建和优化 通过RDKit,使用EmbedMolecule基于ETKDG算法进行ADR81的结构生成。然后在N/C端进行双吡啶丙氨酸突变,并调用MMFF94立场优化结构与能量。动力学模拟 选择Gromacs2019.6作为动力学模拟软件,amber14sb 为肽力场。将两条肽分别置于磷脂双层膜上方,肽采用 Amber14 SB,非标准残基部分使用GAFF2力场(Gener...
C图展示了双吡啶区域和细胞膜上表面互作的情况。 通过图2的快照可以看到C端的双吡啶突变组效果更好一些,图3通过分析相互作用力来解释其原因。通过图3B可以看到双吡啶区域的GLU-80和银离子有一个4.2埃的静电力,推测该作用力有助于稳定肽构象,这可能解释了为什么dssp计算中C端突变体系变化幅度较小。(表1).图3C展示...
将两条肽分别置于磷脂双层膜上方,肽采用 Amber14 SB,非标准残基部分使用GAFF2力场(General AMBER Force Field),脂质采用lipid21力场。采用TIP3P水模型对复合物体系添加TIP3P 水模型,建立水盒子。并在体系中加入0.02M的Ag+,之后再添加氯离子平衡体系。在弹性模拟下分别通过Verlet 和cg 算法,PME 处理静电互相作用,使...
比如磷脂之间或者磷脂与蛋白之间会有好多空隙,这会导致模拟刚开始就有水大量跑进疏水区,后续模拟将毫无意义。构建磷脂膜我最推荐用我写的genmixmem程序,速度很快,用着很方便,结合GROMACS模拟磷脂体系特别容易,详见《生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem》(http://sobereva.com/245)。至于产生膜蛋白,我...
模拟体系详见表一,首先,构建了两种脂质双分子层,一种完全由DOPC组成,一种完全由DOPE构成。每个双层膜都由100个包含两个磷脂的膜单体组成,一个处于直立,一个处于倒立(非镜像对称)。构建好的两种双层膜用于构建不同含量的DLin-MC3-DMA的膜,在选定好的位置(距离10A)的磷脂双层膜中,删除磷脂,插入优化后的DLin-MC3...
模拟体系详见表一,首先,构建了两种脂质双分子层,一种完全由DOPC组成,一种完全由DOPE构成。每个双层膜都由100个包含两个磷脂的膜单体组成,一个处于直立,一个处于倒立(非镜像对称)。构建好的两种双层膜用于构建不同含量的DLin-MC3-DMA的膜,在选定好的位置(距离10A)的磷脂双层膜中,删除磷脂,插入优化后的DLin-MC3...
4.1 构建5*5*5 nm^3甲醇盒子 首先在GaussView或其它可以对分子建模的程序里画一个甲醇,然后保存为...
统计磷脂膜的单脂面积,对不同情况下膜结构的变化进行分析。1模型与方法1.1模型构建本文采用MARTINI粗力度化力场参数[17,18]来构建体系模型。MARTINI力场将所研究分子的全原子模型映射为粒子-粒子的粗粒度模型,其中每个粒子对应原子模型中的某个特定基团。本文膜体系包括512个CGDPPC分子自组装27ns成的双层膜,和7966个...
从GROMACS程序入门学会编译方法,安装自己的GROMACS可执行程序开始,依次讲授生物体系简单到复杂的建模与TOP文件构建、常用模拟结果分析、水溶性蛋白质和配体作用分子动力学模拟过程及结果分析、生物膜磷脂双分子层生物膜、膜蛋白等建模分析、蛋白质结合自由能计算、药物分子开发溶剂筛选。
近期,苏州大学杨恺教授与松山湖材料实验室元冰研究员联合团队,采用全原子分子动力学模拟的方法,研究了20种氨基酸与DOPC磷脂膜相互作用的分子细节。研究结果表明,20种氨基酸在磷脂膜界面表现出不同的插膜行为,而这一差异并不简单地取决于氨...