Packmol是一个免费的、很有价值的构建分子动力学模拟初始结构的工具,非常流行。简单来说就是由用户提供一种或多种分子的结构文件,并且设定一些约束条件,Packmol就会把各种分子按照设定将指定数目的分子堆积到满足要求的区域中。程序会通过优化算法不断尝试各种堆积方式,直到构建出原子间没有不合理接触而且能满足所有约束...
肽结构构建和优化 通过RDKit，使用EmbedMolecule基于ETKDG算法进行ADR81的结构生成。然后在N/C端进行双吡啶丙氨酸突变，并调用MMFF94立场优化结构与能量。动力学模拟 选择Gromacs2019.6作为动力学模拟软件，amber14sb 为肽力场。将两条肽分别置于磷脂双层膜上方，肽采用 Amber14 SB，非标准残基部分使用GAFF2力场（Gener...
C图展示了双吡啶区域和细胞膜上表面互作的情况。 通过图2的快照可以看到C端的双吡啶突变组效果更好一些,图3通过分析相互作用力来解释其原因。通过图3B可以看到双吡啶区域的GLU-80和银离子有一个4.2埃的静电力,推测该作用力有助于稳定肽构象,这可能解释了为什么dssp计算中C端突变体系变化幅度较小。(表1).图3C展示...
将两条肽分别置于磷脂双层膜上方,肽采用 Amber14 SB,非标准残基部分使用GAFF2力场(General AMBER Force Field),脂质采用lipid21力场。采用TIP3P水模型对复合物体系添加TIP3P 水模型,建立水盒子。并在体系中加入0.02M的Ag+,之后再添加氯离子平衡体系。在弹性模拟下分别通过Verlet 和cg 算法,PME 处理静电互相作用,使...
探讨多巴胺在细胞膜中扩散和透过过程的分子动力学. 多巴胺分子在POPC 磷脂双层 膜中间层做扩散运动的自由能变化为10-54 kJ ∙mol-1 (310 K), 显示多巴胺分子在细胞膜中间层很容易横向和 纵向扩散, 保持多巴胺保护通道的畅通. 多巴胺分子不容易透过POPC 磷脂双层膜, 因为透过过程自由能能垒 为117-125 kJ ∙...
4.1 构建5*5*5 nm^3甲醇盒子 首先在GaussView或其它可以对分子建模的程序里画一个甲醇，然后保存为...
在药物输运中,分子动力学模拟技术主要用于模拟药物分子与细胞膜相互作用的过程。具体而言,可以通过分子动力学模拟技术研究以下几个方面: 1.药物分子的渗透性 药物分子要从体外进入细胞内,必须克服细胞膜的阻碍。细胞膜由磷脂双层构成,分子动力学模拟可以模拟药物分子在磷脂双层中的运动,预测药物分子与磷脂双层之间的相互作...
模拟体系详见表一,首先,构建了两种脂质双分子层,一种完全由DOPC组成,一种完全由DOPE构成。每个双层膜都由100个包含两个磷脂的膜单体组成,一个处于直立,一个处于倒立(非镜像对称)。构建好的两种双层膜用于构建不同含量的DLin-MC3-DMA的膜,在选定好的位置(距离10A)的磷脂双层膜中,删除磷脂,插入优化后的DLin-MC3...
总体而言,从分子水平上揭示磷脂组成对磷脂膜破裂的影响机制以及对非恒定表面张力作用下磷脂双层膜的破裂规律的研究尚有待深入。 本文利用粗粒化分子动力学模拟方法,考察表面张力强度为80×10−5N·cm−1条件下磷脂膜的破裂过程。通过建立磷脂膜破裂临界时间和临界表面张力值的分析方法,采用电中性的二棕榈酰磷脂酰...
模拟体系详见表一,首先,构建了两种脂质双分子层,一种完全由DOPC组成,一种完全由DOPE构成。每个双层膜都由100个包含两个磷脂的膜单体组成,一个处于直立,一个处于倒立(非镜像对称)。构建好的两种双层膜用于构建不同含量的DLin-MC3-DMA的膜,在选定好的位置(距离10A)的磷脂双层膜中,删除磷脂,插入优化后的DLin-MC3...