分子动力学模拟是一种强大的工具,可以用来研究蛋白-配体相互作用的结构和动力学。这种模拟技术基于牛顿运动定律和量子力学原理,通过模拟原子和分子之间的相互作用来预测它们在时间和空间上的行为。 在进行蛋白-配体分子动力学模拟时,首先需要确定蛋白和配体的三维结构。这可以通过X射线晶体学、核磁共振等实验手段获得。
本期教程就以COVID-19主蛋白酶(PDB ID:6LU7)为例为大家分享使用Schrodinger软件包中的Desmond进行蛋白-配体复合物的分子动力学模拟教程。 1.结构的预处理 点击Tasks>Protein Preparation and Refinement>Protein Preparation Wizard打开蛋白制备窗口; 在PDB文本框输入6LU7并点击 Import导入蛋白结构至工作界面; 当然这里...
配体的处理需要用到PRODRG(http://prodrg2.dyndns.org/submit.html)网站,其可以生成配体的相关拓扑文件,使用的应该是GROMOS87力场。 利用该网站依次处理6个配体;首先在网站的输入框内粘贴配体的pdb文件内容的坐标部分,然后Chirality选项选择yes,Charges选项选择Full,EM选项选择No。Chirality意为是否保留分子的手性中心,选...
1. 在Yasara中打开(receptorname)-(ligandname)-ligand.pdb和(receptorname)-(ligandname)-receptor.pdb; a) Edit/Transfer/Object;(先选择配体,将配体与受体转移到同一个object中) b) 打开dockxxx.yob文件与1. a) 输出文件进行结构比对,观察是否相同; 2. Edit/Clean/All; 3. Options/Default pH/OK(默认...
配体径向分布：分析稳定时期配体到蛋白质表面的径向分布函数，获得配体到蛋白质表面的距离信息。利用 A 类型粒子与 B 类型粒子之间径向分布函数公式，计算稳定模拟最后 15ns 配体 1ZIN 到蛋白质表面的径向分布函数，并展示结果图。MD 蛋白配体势能：GROMACS 将分子间相互作用分为范德华和库伦作用，通过 ...
在进行AMBER+GAFF力场下蛋白-配体复合物的分子动力学模拟时，需要使用到Gromacs软件和.mdp参数文件，这些文件可从Gromacs官网下载。接下来，我们将按照以下步骤进行模拟：首先，处理蛋白质结构文件，通常从PDB数据库中下载的文件需要进行预处理，包括加氢、删除结晶水和辅因子、补全缺失残基等。使用pdb2gmx工具...
对蛋白配体复合物分子模拟体系的结果进行一系列的粗浅分析,本文记述了简要的分析方法。 1 MD 体系参数与周期性校正 主体模拟结束之后,需要检查其温度、体系密度等体系参数符合预设要求。 通过命令提取模拟过程中随时间变化的体系参数数据,然后利用此命令给出的各参数平均值等数据,以及根据数据绘制得到的参数随时间变化的...
CADD计算机辅助药物设计设计流程,让学员能够掌握包括PDB数据库、靶点蛋白、蛋白质-配体、蛋白-配体小分子、蛋白-配体结构、notepad的介绍和使用、分子对接、蛋白-配体对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白对接、蛋白-多糖分子对接、蛋白-水合对接、Linux安装、gromacs分子动力学全程实操、溶剂化分子动力学模拟 ...
本文以前文为基础,对蛋白配体复合物分子模拟体系的结果进行一系列的粗浅分析,本文记述了简要的分析方法。 1 MD 体系参数与周期性校正 主体模拟结束之后,需要检查其温度、体系密度等体系参数符合预设要求。 通过gmx energy命令提取模拟过程中随时间变化的体系参数数据,然后利用此命令给出的各参数平均值等数据,以及根据数据...
1.预处理受体蛋白、配体分子 //将受体蛋白另存为 protein.pdb //将配体分子进行合适的质子化后另存为...