1. 检查结构文件有些结构文件存在少几个氢原子或者侧链的情况,所以先用spdbv软件打开结构文件,该软件可自动补加缺失的分子,用这个软件打开结构文件,再另存一下结构即可。 Spdbv软件是windows版本,可在网上直…
分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法,能够从原子层面给出体系的微观演变过程,直观的展示实验现象发生的机理与规律,促使我们的研究向着更高效,更经济,更有预见性的方向发展,因此,分子动力学模拟在生物,药学,化学,材料科学的研究中发挥着越来越重要的作用,所以说他是一个非常值得去学习和采纳的一项研究...
4. 生成拓扑文件(假设这里要做lysozyme.pdb的分子动力学,gromacs 5.0版本以上的软件都要在命令前加gmx,5.0以下的版本不加gmx,以下命令行均用红色字体表示) gmx pdb2gmx -ignh -f lysozyme.pdb -o lysozyme_processed.gro -water spce (-f是打开,-o为生成,这里需要选择一个力场,力场的选择可参照做此类分子的...
分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法,能够从原子层面给出体系的微观演变过程,直观的展示实验现象发生的机理与规律,促使我们的研究向着更高效,更经济,更有预见性的方向发展,因此,分子动力学模拟在生物,药学,化学,材料科学的研究中发挥着越来越重要的作用,所以说他是一个非常值得去学习和采纳的一项研究...
如果大家已做完前面的步骤,得到了模拟后的文件,就可以继续看这篇教程,对结果进行分析,采取什么方法分析取决于你想解决什么样的问题,是比较野生型与突变体结构的差别还是分析底物与受体之间的作用力,这里列举几个我常用的方法,希望对大家能有帮助。 gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_no...
安装比想象的容易,像我这样的电脑小白,从来没装过系统都可以,你也一定可以,只要按照这个网站上写的步骤一步步做就可以,这里建议先看一下EasyBCD 软件能否正常安装,不能安装的话就只能采用其他方式引导开机,如果电脑之前加装了磁条的话,分盘装linux系统的时候要选择电脑自带的磁盘,不然EasyBCD开机引导不了(这里推荐安...
打开主文件夹,按ctrl+H显示隐藏文件,打开.bashrc文件,将“source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC ”复制到文件最后。 打开终端输入gmx 回车,如果出现的是一些gromacs软件帮助信息且最后一句是两个井号括起来的名人名言就证明安装成功了。 4. gromacs网上学习资料 (1) gromacs官网: gromacs.org/ 内部含有软件下载资源...
可用LigPlot+软件分析复合物之间或者单个分子内部的作用力 LigPlot+软件官网:http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/ 下载的安装包直接放到c盘解压即可,这里需要电脑安装java,如果没有的话软件打不开。 使用:打开Ligplot软件,如果是复合物,需要限定作用的侧链,如果是蛋白内氨基酸之间作用力分析,需要写...
可用LigPlot+软件分析复合物之间或者单个分子内部的作用力 LigPlot+软件官网:http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/ 下载的安装包直接放到c盘解压即可,这里需要电脑安装java,如果没有的话软件打不开。 使用:打开Ligplot软件,如果是复合物,需要限定作用的侧链,如果是蛋白内氨基酸之间作用力分析,需要写...
为了整洁一些,做某个分子的动力学就建立一个文件夹,把参数文件和结构文件放里面,在里面做分子动力学,这样产生的所有文件就都在一起了,以免与其他文件混在一起,创建新文件夹和window系统一样,鼠标右键创建新文件夹即可。 【下面的步骤建议结合中英文教程一起看: ...