今天给同学们分享一篇生信文章“Integrative analyses of bulk and single-cell RNA-seq identified cancer-associated fibroblasts-related signature as a prognostic factor for immunotherapy in NSCLC”,这篇文章发表在Cancer Immunol Immunother期刊上,影响因子为4.6。 结果: 通过WGCNA 分析鉴定 CAF 标记基因使用 TCGA ...
这可能是 TCGA 队列中风险评分预测能力较弱的原因。CAF 评分与 CAF 浸润之间的相关性以前的研究报道了几种计算算法,这些算法可以使用大量RNA-seq数据来指示成纤维细胞的丰度[26–28]。然而,EPIC-CAF 评分、MCP-counter-CAF 评分或 x Cell-CAF 评分似乎与患者的预后无关。它表明 CAFs 的传统浸润分数可能不是 NSC...
今天给同学们分享一篇生信文章“A new integrative analysis of histopathology and single cell RNA-seq reveals the CCL5 mediated T and NK cell interaction with vascular cells in idiopathic pulmonary arterial hypertension”,这篇文章发表在J Transl Med期刊上,影响因子为6.1。 结果: 鉴定与炎症评分相关的基因...
综上作者在ASD的snRNA-seq数据中发现除了INH-M1之外的所有模块都有大量的研究证据。 图7 ASD抑制性神经元共表达网络分析 Tips 参考文献 [1] Wu, CL., Dicks, A., Steward, N. et al. Single cell tranomic analysis of human pluripotent stem cell chondrogenesis. Nat Commun 12, 362 (2021). [2] L...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)揭示了小肠神经内分泌癌患者肝转移瘤特异性的治疗靶点 datamatrix编码测试数据 文章标题:《Comparative single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) reveals liver metastasis-specific targets in a patient with small intestinal neuroendocrine cancer》 生信技能树jimmy 2023/10/17 3660 【生信...
数据:We downloaded the processed expression (RPKM) profiles of LNCaP cells generated by single cell RNA-seq from GEO (accession ID: GSE99795). The dataset contains 144 LNCaP cells from 0 h untreated, 12 h untreated and 12 h R1881 treated conditions. There are 48 cells under each condition...
那些教程都是针对传统的bulk转录组测序的表达矩阵,其实单细胞转录组也是拿到表达矩阵,只不过是有一些特性,比如非常多的0值等等。那么有没有这样的研究尝试把WGCNA融入单细胞转录组数据分析呢? 答案是有的,Posted March 04, 2019. 丢在预印本的文章,题目是:[Single-Cell RNA Sequencing Reveals Regulatory Mechanism ...
那些教程都是针对传统的bulk转录组测序的表达矩阵,其实单细胞转录组也是拿到表达矩阵,只不过是有一些特性,比如非常多的0值等等。那么有没有这样的研究尝试把WGCNA融入单细胞转录组数据分析呢? 答案是有的,Posted March 04, 2019. 丢在预印本的文章,题目是:[Single-Cell RNA Sequencing Reveals Regulatory Mechanism ...
那些教程都是针对传统的bulk转录组测序的表达矩阵,其实单细胞转录组也是拿到表达矩阵,只不过是有一些特性,比如非常多的0值等等。那么有没有这样的研究尝试把WGCNA融入单细胞转录组数据分析呢? 答案是有的,Posted March 04, 2019. 丢在预印本的文章,题目是:Single-Cell RNA Sequencing Reveals Regulatory Mechanism fo...
通过"singleR"软件包、CellMarker数据库和参考文献,找到标记基因对不同的细胞亚型进行注释,结果得到了七个细胞亚型,分别是B细胞、内皮细胞、T细胞、单核细胞、成纤维细胞、平滑肌细胞和上皮细胞(图1G)。通过气泡图可视化每种细胞类型的重要标记基因的表达情况(图1H)。散点图显示了不同细胞类型中标记基因的表达情况。