这可能是 TCGA 队列中风险评分预测能力较弱的原因。CAF 评分与 CAF 浸润之间的相关性以前的研究报道了几种计算算法,这些算法可以使用大量RNA-seq数据来指示成纤维细胞的丰度[26–28]。然而,EPIC-CAF 评分、MCP-counter-CAF 评分或 x Cell-CAF 评分似乎与患者的预后无关。它表明 CAFs 的传统浸润分数可能不是 NSC...
加权基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA)自 2005 年问世以来,经历时间考验,至今仍具有强大生命力和新的应用价值。它不仅适用于大样本的 bulk RNA-Seq 数据,在满足单张切片亚群数≥8的条件下,也能应用于空间转录组数据,为ST个性化分析增添新维度,有助于挖掘更多候选基因,探索新的...
那么有没有这样的研究尝试把WGCNA融入单细胞转录组数据分析呢? 答案是有的,Posted March 04, 2019. 丢在预印本的文章,题目是:[Single-Cell RNA Sequencing Reveals Regulatory Mechanism for Trophoblast Cell-Fate Divergence in Human Peri-Implantation Embryo](Single-Cell RNA Sequencing Reveals Regulatory Mechanism...
纯生信也能发7+单细胞+WGCNA+预后模型,发sci就是稳 今天给同学们分享一篇生信文章“Comprehensive analysis of scRNA-Seq and bulk RNA-Seq reveals dynamic changes in the tumor immune microenvironment of bladder cancer and establishes a prognostic model”,这篇文章发表在J Transl Med期刊上,影响因子为7.4。
1.2 scRNA-seq部分 (1)从GSE160756收集人椎间盘CEP部位的26209个细胞测序数据,进行质控、去批次、降维、分群、细胞类型注释、亚群分析等常规步骤。共得到13个cluster,6大类细胞;其中对于mesenchymal chondrocytes得到3个亚群。 image-20221120101453167 (2)对6类细胞分析得到的marker gene进行功能注释分析; ...
The microarray and single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) datasets of hepatocellular carcinoma (HCC) were downloaded from the Gene Expression Omnibus (GEO) database. Differential expression analysis and weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) were used to identify HCC-related biomarkers. ...
# Active assay: RNA (36601 features, 0 variable features)# 2 dimensional reductions calculated: harmony, umapp <- DimPlot(seurat_obj, group.by='cell_type', label=TRUE)+ ggtitle('Zhou et al Control Cortex') + NoLegend()p 3. 创建对象,选择基因 SetupForWGCNA:创建对象,选择基因进行分析 在...
hdWGCNA是一个R软件包,用于在单细胞RNA-seq或空间转录组学等高维转录组学数据中执行加权基因共表达网络分析(WGCNA)。hdWGCNA是高度模块化的,可以构建跨多尺度细胞和空间层次的共表达网络。hdWGNCA识别互连基因的健壮模块,并通过各种生物学知识来源提供这些模块的背景。hdWGCNA需要将数据格式化为Seurat对象,这是单细胞数...
说到WGCNA分析,大家应该都熟悉用bulk RNA-seq样本进行基因间的互作网络分析,这样可以探索样本间的基因调控网络的分析方法,但是我们都知道基因的生物功能是以细胞为单位进行相互调控的,所以scRNA-seq是更贴合生物复杂系统的研究技术。具体的scWGCNA分析原理可以点击链接查看,今天主要想给大家分享scWGCNA的应用思路。
那些教程都是针对传统的bulk转录组测序的表达矩阵,其实单细胞转录组也是拿到表达矩阵,只不过是有一些特性,比如非常多的0值等等。那么有没有这样的研究尝试把WGCNA融入单细胞转录组数据分析呢? 答案是有的,Posted March 04, 2019. 丢在预印本的文章,题目是:Single-Cell RNA Sequencing Reveals Regulatory Mechanism fo...