首先转录组是指在相同环境(或生理条件)下的在一个细胞、或一群细胞中所能转录出的所有RNA的总和,包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)及非编码RNA。转录组测序(RNA-seq)是将提取所要研究的特定类型的RNA,将其反转录成cDNA,利用高通量测序技术获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转...
小 RNA 测序是一种非靶向方法,可以检测新型 miRNA 和其他小 RNA 。癌症生物学中 ChIP-seq 转录组研究有助于了解 ncRNA(例如 sncRNA 和 lncRNA)在癌发生/癌症进展过程中基因调控机制中的新兴作用。 转录组组装和注释:NGS 数据可用于重建和注释生物体的转录组。通过将 RNA-seq 读数与参考基因组进行比对或使用从头...
小 RNA 测序是一种非靶向方法,可以检测新型 miRNA 和其他小 RNA 。癌症生物学中 ChIP-seq 转录组研究有助于了解 ncRNA(例如 sncRNA 和 lncRNA)在癌发生/癌症进展过程中基因调控机制中的新兴作用。 转录组组装和注释:NGS 数据可用于重建和注释生物体的转录组。通过将 RNA-seq 读数与参考基因组进行比对或使用从头...
涉及主要技术:WGS、Hi-C、RNA-seq等 1.正向遗传全染色体拷贝数筛选 为了评估各种非整倍体的潜力,作者在正常二倍体人端粒酶逆转录酶(hTERT)-永生化人乳腺上皮细胞(hTERT-HMEC)和-肾近端小管上皮细胞(h TERT-RPTEC)中进行全染色体正向遗传筛选(图1a)。这些细胞揽括了组织特异性基因表达模式,并代表了具有不同CNA...
最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...
涉及技术:Hi-C、ATAC-seq、WGS、RNA-seq 1.翅膀发育过程中Ubx位点的表达 作者提供了四种蛱蝶的Ubx基因组区域的注释(图1A)。这些特征是作者的模式物种J. coenia和V. cardui以及Aglais(蛱蝶属)io的现有基因组资源。这三个物种的公开注释包括来自发育转录组的证据,作者在此基础上增加了一组来自枯叶蛱蝶Kallima inach...
RNA-seq中,可以测到mRNA上的各种结构上的变异,即RNA序列的变异。要求测序深度要更深。因为这样才能得到较完整的覆盖,更有把握判断 新的剪接点、一个断点、哪儿碱基发生了突变等。 结构变异分析: 可变剪接:一般一个人的组织样本当中,可以通过高通量测序,发现有5000个到20000个左右的可变剪接。
CPTAC数据库包含基因组测序数据与蛋白组学数据。其中基因组数据包含总计1300+不同类型肿瘤病人的WGS、WES和RNA-seq数据,可通过GDC Data Portal访问。 蛋白组数据可通过PDC访问,CPTAC数据库用到的蛋白质定量技术主要是基于质谱的检测技术,包括ITRAQ和TMT。 收集的信息如下: ...
最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...
理解了上面的测序深度和覆盖度的概念,我们就可以根据它们来区分WGS,WES,RNA-seq组与ChIP-seq,简单地说就是搞清楚这些组学要测什么,而且测多深即可。 全外显子(Whole-exome sequencing): 首先外显子组(Exome)是指真核生物基因组中全部外显子区域的总和,包含了蛋白质合成最直接的信息。外显子 组测序(Exome-...