首先转录组是指在相同环境(或生理条件)下的在一个细胞、或一群细胞中所能转录出的所有RNA的总和,包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)及非编码RNA。转录组测序(RNA-seq)是将提取所要研究的特定类型的RNA,将其反转录成cDNA,利用高通量测序技术获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转...
小 RNA 测序是一种非靶向方法,可以检测新型 miRNA 和其他小 RNA 。癌症生物学中 ChIP-seq 转录组研究有助于了解 ncRNA(例如 sncRNA 和 lncRNA)在癌发生/癌症进展过程中基因调控机制中的新兴作用。 转录组组装和注释:NGS 数据可用于重建和注释生物体的转录组。通过将 RNA-seq 读数与参考基因组进行比对或使用从头...
转录组测序(RNA-seq): 首先转录组是指在相同环境(或生理条件)下的在一个细胞、或一群细胞中所能转录出的所有RNA的总和,包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)及非编码RNA。转录组测序(RNA-seq)是将提取所要研究的特定类型的RNA,将其反转录成cDNA,利用高通量测序技术获得某一物种特定组织或器官...
涉及主要技术:WGS、Hi-C、RNA-seq等 1.正向遗传全染色体拷贝数筛选 为了评估各种非整倍体的潜力,作者在正常二倍体人端粒酶逆转录酶(hTERT)-永生化人乳腺上皮细胞(hTERT-HMEC)和-肾近端小管上皮细胞(h TERT-RPTEC)中进行全染色体正向遗传筛选(图1a)。这些细胞揽括了组织特异性基因表达模式,并代表了具有不同CNA...
任何组学分析第一步都是对测序数据进行质量控制,细节可以参考之前的转录组教程 生科院的老张:RNAseq转录组差异表达分析教程 , 和转录组一样,使用md5检查数据完整性,fastqc进行质量检测,multiqc合并报告,trimmomatic进行质量过滤,参考代码如下: 2.2.1 md5检查数据完整性: md5sum *gz > md5.txt && md5sum -c md5.tx...
RNA 测序转录组学 (RNA-Seq) 是一种新方法,旨在提高罕见疾病的诊断率。新一代测序 (NGS) 对转录组学产生了变革性影响,彻底改变了我们研究转录组(有机体或特定细胞群中完整的 RNA 分子集)的能力。NGS 技术提供了高通量且经济有效的方法来分析和分析 RNA 分子,使研究人员能够深入了解基因表达、选择性剪接、非...
RNA-seq中,可以测到mRNA上的各种结构上的变异,即RNA序列的变异。要求测序深度要更深。因为这样才能得到较完整的覆盖,更有把握判断 新的剪接点、一个断点、哪儿碱基发生了突变等。 结构变异分析: 可变剪接:一般一个人的组织样本当中,可以通过高通量测序,发现有5000个到20000个左右的可变剪接。
近日,美国圣犹大儿童研究医院研究团队在Cancer Discovery在线发表了题为“Genomes for Kids: The scope of pathogenic mutations in pediatric cancer revealed by comprehensive DNA and RNA sequencing”的文章,报道了一个基于全基因组测序(WG...
研究团队对来自98名患者的恶性腹水样本及相应的肿瘤细胞系进行了全基因组测序(WGS)、RNA测序(RNA-seq)、DNA甲基化和增强子图谱分析。结果发现,DGC可分为两种不同的分子亚型。其中一种亚型中,TEAD通路的抑制可规避治疗耐药性,有望开发针...
文章总结:通过分析蛱蝶科蝴蝶的Hi-C和ATAC-seq数据,作者发现TAD在Ubx周围保持了后翅富集的开放染色质特征。该TAD由 BE包围,将其与Antp位点周围连接的翅膀活动区域分开。对 BE的CRISPR突变扰动显示,在前翅中释放异位Ubx 表达,诱导具有后翅特性的同源异形克隆。对UbxTAD中的两个非编码RNA编码区域和一个推定的顺式调...