全基因组关联分析( 是对多个个体在全基因组范围的遗传变异(标记)多态性进行检测,获得基因型,进而将基因型与可观测的性状,即表型,进行群体水平的统计学分析,根据统计量或显著性 p 值筛选出最有可能影响该性状的遗传变异(标记),挖掘与性状变异相关的基因。
通过Sanger测序技术验证了油茶栽培品种的8个候选基因中的23个SNPs,并通过qPCR分析验证表达水平。结果说明,基于大规模RNA-seq分析的SNPs鉴定和基因表达分析对于油茶品种的分子育种具有高度的可信度和信息量。 图9 油茶驯化相关候选基因的基因型group评价 小结 研究从头构建了油茶基因组,接着进行了比较基因组和群体基因组学...
(3)转录组测序分析共获得24,838个SSR标记,5,488个新基因位点,新发现转录本48,248个,预测出24,497个完整ORF序列和930个lnc RNA,并完成了43,677个新转录本的功能注释,共预测到9,604个转录因子.在干旱胁迫下,黍稷差异表达基因均调节生物合成,光合作用和精氨酸和脯氨酸代谢等相关过程.结果显示,不同抗旱性黍稷...
转座酶可以将携带的DNA片段(接头)插入开放的染色质区域,可以得到全基因组上处于开放状态的染色质区域。 RNA-seq:转录组测序技术,就是用高通量测序技术进行测序分析,反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。 H3K27me3:表观遗传修饰,H3是组蛋白,H3K27me3表示组蛋白H3的第27个氨基酸上三甲基化...
Cell—α-synuclein研究重磅:RNA G-四重链形成支架,促进病理性α-synuclein聚集 03:31 Nature Genetics—科学家通过GWAS研究揭示了颅内和皮层下结构体积相关的254个独立的基因组位点 02:51 Nature—神经元编码研究重磅:人类大脑编码信息的三大基础:频率、潜伏期、时间序列 04:20 Nature Medicine—在POE4携带者中...
基于52个DCM患者和18个对照者的左心室组织的单核RNA测序（snRNA-seq）数据，使用sc-linker框架整合snRNA-seq数据和GWAS遗传性识别在心肌细胞和DCM特异性差异表达基因（DEGs）中的富集，细胞类型特异性表达和差异表达基因图；7. 多基因风险评分（PGS）生成与测试 评估常见遗传变异对DCM遗传性的贡献，并预测DCM风险。...
展示了穗发育的8个时期,利用转录组测序RNA-seq和染色质可及性测序ATAC-seq得出了全局基因表达、染色质可及性信息。同时,基于染色质开放动态,选择SAM、DR、SMI、GPD和FOP五个阶段,在靶点和靶点作用下进行组蛋白修饰分析 主成分分析(PCA)结果表明,这8个阶段可分为两大类,营养生长组包括SAM、EL、SR、DR和生殖生长...
4.RNA-seq及分析:选择耐低P和不耐低P品种各一个,三个生物学重复测序 5.候选基因预测与表达量:位于QTL区间内,且表达量有差异的基因为候选基因 6.qRT-PCR 结论: 1.叶绿素荧光参数在不同磷水平下表现出显著差异:三个指标在三年的不同P水平下,均出现了显著的差异,表明植物在缺磷时,光合作用受到抑制,进一步揭示...
如果变异较多,选择具有单倍型差异的样本进行RNA-seq来进行多组学联合分析也是一种有效的方式。结合转录组的差异分析,区域内差异表达的基因很有可能就是我们所要寻找的目标分析。当然,针对特定关注的性状,预先构建一个分离群体来选取极端性状进行混池测序来进行BSA定位也是一个很好的验证手段。除此之外,如果在初期选取了...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)为解决上述难题提供了机会。单细胞图谱能够将GWAS变异与功能更精细地关联起来,包括反映细胞类型特异性特征的程序、细胞类型中疾病依赖性特征的程序以及在细胞类型内和跨细胞类型变化的关键细胞过程。但疾病往往涉及...