研究人员认为,TWAS可以识别出GWAS无法检测到的真正的基因-性状关联,这可能是因为TWAS可以反映整合多个转录调节变异体的影响,或者捕捉多个功能上不同的染色体重构体的作用。 表1 通过使用单一基因表达数据对不同环境进行全转录组关联研究来确定相关基因。 图1 通过对内布拉斯加州和密歇根州的玉米进行全转录组关联分析(...
用RNA-seq打开重测序样本,快速发掘性状关联基因? 常规GWAS分析,众所周知,是分析遗传变异(genotype, 如SNP)与表型(phenotype)之间的关联。但一般来说,基于GWAS的结果,仅能给出候选的染色体区域,无法确切定位与表型直接相关的候选基因。 全转录组关联分析(TWAS)作为一种可以直接检测基因-性状的关联性,从而更快发掘与性...
用RNA-seq打开重测序样本,快速发掘性状关联基因? 常规GWAS分析,众所周知,是分析遗传变异(genotype, 如SNP)与表型(phenotype)之间的关联。但一般来说,基于GWAS的结果,仅能给出候选的染色体区域,无法确切定位与表型直接相关的候选基因。 全转录组关联分析(TWAS)作为一种可以直接检测基因-性状的关联性,从而更快发掘与性...
导语遗传分析和全基因组关联研究(GWAS)可以阐明基因组变异与表型之间的关系。CpG二核苷酸的甲基化与常见疾病之间的关系,体现了表观遗传调控DNA甲基化的重要性。DNA甲基化数据库与其他组学数据一起将有助于研究…
全基因组关联分析( 是对多个个体在全基因组范围的遗传变异(标记)多态性进行检测,获得基因型,进而将基因型与可观测的性状,即表型,进行群体水平的统计学分析,根据统计量或显著性 p 值筛选出最有可能影响该性状的遗传变异(标记),挖掘与性状变异相关的基因。
题目:利用叶绿素荧光参数通过GWAS和RNA-seq鉴定大豆磷利用效率QTL和基因 通讯作者:张丹 机构:河南农业大学 杂志:Planta IF/分区:4.12/Q1 发表时间:2021.10 研究意义: 探究光合作用与磷效率之间的遗传关系,为大豆改良提供遗传学依据,为培育磷效率和光合效率较高的大豆品种提供遗传基础。
本研究通过将小鼠模型中功能SNPs相关的活跃DARs映射到人类基因组,并结合GWAS和eQTL数据,探索了这些变异可能影响人类代谢性状的机制。基于转录因子-gene对保守性的策略,本研究筛选出了数百个与代谢通路相关的GWAS阳性结果所对应的候选功能性SNPs,为后续深入探究和验证这些SNP的功能性提供了方向。
最近,我们研究了NF90在调节细胞因子BAFF中的作用,其增加的功能是MS和SLE的疾病诱发因素。NF90是一种RBP,在几个水平上影响RNA代谢,包括前RNA剪接、mRNA转换和翻译。 利用GWAS,我们的小组发现了高飞球的一击3′UTR与MS、SLE的风险增加以及细胞因子BAFF、B细胞和免疫球蛋白的水平相关。该变体是位于的3’UTR的插入-缺...
技术资料:使用Ion AmpliSeq转录组试剂盒、Clariom D检测试剂盒和TaqMan检测试剂盒进行的转录组测序、基因芯片和qPCR的一致性 eQTL作为生物标记物的重要性 表达定量性状基因座(eQTL)是与基因表达变化相关的遗传变体,这一点在将全基因组相关研究 (GWAS) 结果与各种疾病的分子机制联系...
在克罗恩氏病的全基因组关联分析中也观察到了与这两种lncRNA的共定位，表明这两种与溃疡性结肠炎和克罗恩氏病有关。该研究通过基因型-组织表达项目（GTEx）以及多种分析资源如数量性状表达位点（eQTL），加权基因共表达网络分析（WGCNA）和全基因组关联（GWAS）共定位分析，评估了lncRNA基因的调控模式，揭示了lncRNA...