理永霞研究员为通讯作者在《Curr. Issues Mol. Biol》杂志发表题为“Analysis of DNA Methylation Differences during the JIII Formation of Bursaphelenchus xylophilus”的研究论文,研究全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)和对应的转录组测序(RNA-seq),比较JIII阶段与其它阶段的DNA甲基化模式,揭示了DNA甲基化在PWN环境适...
理永霞研究员为通讯作者在《Curr. Issues Mol. Biol》杂志发表题为“Analysis of DNA Methylation Differences during the JIII Formation of Bursaphelenchus xylophilus”的研究论文,研究全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)和对应的转录组测序(RNA-seq),比较JIII阶段与其它阶段的DNA甲基化模式,揭示了DNA甲基化在PWN环境适...
平台:WGBS、RNA-seq等 研究摘要: 本研究通过全基因组亚硫酸盐测序(WGBS-seq)比较了两种处理下的叶片:第12节点的非结果节叶(Nonfruiting-Node Leaves,NFNL)和坐果叶(leaves of fruit setting,FNL)。在这两种处理中,其他节的雌性花均去除。研究结果揭示了大量差异甲基化基因在光合作用和碳水化合物代谢过程中富集。...
理永霞研究员为通讯作者在《Curr. Issues Mol. Biol》杂志发表题为“Analysis of DNA Methylation Differences during the JIII Formation of Bursaphelenchus xylophilus”的研究论文,研究全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)和对应的转录组测序(RNA-seq),比较JIII阶段与其它阶段的DNA甲基化模式,揭示了DNA甲基化在PWN环境适...
平台:WGBS、RNA-seq等 研究摘要: 本研究通过全基因组亚硫酸盐测序(WGBS-seq)比较了两种处理下的叶片:第12节点的非结果节叶(Nonfruiting-Node Leaves,NFNL)和坐果叶(leaves of fruit setting,FNL)。在这两种处理中,其他节的雌性花均去除。研究结果揭示了大量差异甲基化基因在光合作用和碳水化合物代谢过程中富集。
选定DNA片段的DNA甲基化验证。RNA-Seq结果中的RT-qPCR验证。 研究小结 本研究首次在松材线虫(PWN)全基因组范围内绘制了DNA甲基化水平的分布情况,证实了线虫在四个发育阶段中均存在DNA甲基化。在扩散性JIII阶段与繁殖性阶段之间,甲基化存在显著差异,表明DNA甲基化可能在JIII阶段抗不利环境条件中发挥潜在作用。研究还...
RNA-Seq结果中的RT-qPCR验证。 研究小结 本研究首次在松材线虫(PWN)全基因组范围内绘制了DNA甲基化水平的分布情况,证实了线虫在四个发育阶段中均存在DNA甲基化。在扩散性JIII阶段与繁殖性阶段之间,甲基化存在显著差异,表明DNA甲基化可能在JIII阶段抗不利环境条件中发挥潜在作用。研究还支持DNA甲基化在JIII形成过程...
图5:松材线虫JIII形成过程中的RNA-seq测序分析。 A. JIII与J2中差异表达基因(DEG)的火山图。红点和绿点表示显著上调和下调的差异基因,黑点表示不显著差异基因。 B. JIII与J2中DEG的热图。红色表示上调的基因,紫色表示下调的基因。 C. JIII与J2中DEG的GO富集。GO分为三个本体,即:分子功能(MF),细胞成分(...
技术:全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)、转录组测序(RNA-seq)、蛋白质印记 样品:8周龄C57BL/6雄性小鼠,分为过滤空气组(filtered air group ,FA),未过滤空气组(unfiltered air group ,UA)和浓缩PM2.5组(concentrated ambient PM2.5 group, CAP)。每组2个重复,共6个样本。
绿色框表示该基因被DMR修饰。热图显示了RNA-seq中NFNL和FNL中差异表达基因(DEG)表达水平。Log2(FNL/NFNL)代表基因倍数变化,其中FNL/NFNL是指FPKM reads比率。 图4:DNA甲基化富集与NFNLs和FNLs之间库源调控相关基因表达水平之间的相关性。 A. 左侧和右侧的纵坐标分别表示CHH背景下的DNA甲基化水平和NFNL和FNL...