近⼏年来,多种 m5C 研究⽅法的出现(如 MeRIP-seq、 miCLIP、Aza-IP、RNA-BS-seq 等)使得 RNA m5C 修饰的研究再次进⼊⼈们的视野。 其中,RNA-BS-seq 是⼀种能够从单碱基分辨率⽔平检测 m5C 的强有⼒的技术。该技术利⽤重亚硫酸盐处理 RNA,使RNA 上没有发⽣修饰的 C 被转化为 U,⽽...
一文读懂DNA甲基化及BS-seq 一、什么是DNA甲基化 DNA甲基化是一个生物过程,它会在在DNA分子中引入甲基化基团,但是甲基化并不会改变序列本身,而会改变DNA片段的活性。 在哺乳动物中,DNA甲基化对于正常发育必不可少,而且与很多生物学现象有密切联系,包括基因组印迹,X染色体失活,转座因子招募,衰老和致癌作用。 胞嘧...
cooperates with IGF2BP1 to inhibit tumor aggressiveness via EPHA3 degradation in hepatocellular carcinoma“的研究论文,该研究探讨了在肝细胞癌(HCC)中,通过CpG甲基化调控的非编码RNA VIM-AS1(vimentin antisense RNA1)(一种1.8 kb长的非编码RNA)与IGF2BP1合作,通过EPHA3降解来抑制肿瘤侵袭性...
本文通过研究作者改良的BS-miRNA-seq技术和MAmBA分析流程获得了人类microRNA上(h)m5C修饰的高分辨率图谱，发现该修饰在人miRNA上广泛分布且不仅限于CpG序列，并通过免疫沉淀实验进一步证实，m5C与hm5C修饰均存在于人类miRNA上。
Validation of RNA-Seq results and comparison of gene expression between SFBs and PFBs by qRT-PCR.Yujie, MaoLidan, XiongSiyu, WangJianqiao, ZhongRongying, ZhouLi, Li
其中,RNA-BS-seq 是⼀种能够从单碱基分辨率⽔平检测 m5C 的强有⼒的技术。该技术利⽤重亚硫酸盐处理 RNA,使RNA 上没有发⽣修饰的 C 被转化为 U,⽽发⽣ m5C 修饰的 C 碱基则保持为 C。经过 PCR,U 转变成 T,这样便将 m5C 与C 区分开来。结合⾼通量测序,就可以从转录组范围检测 m5C 修饰...
其中,RNA-BS-seq 是⼀种能够从单碱基分辨率⽔平检测 m5C 的强有⼒的技术。该技术利⽤重亚硫酸盐处理 RNA,使RNA 上没有发⽣修饰的 C 被转化为 U,⽽发⽣ m5C 修饰的 C 碱基则保持为 C。经过 PCR,U 转变成 T,这样便将 m5C 与C 区分开来。结合⾼通量测序,就可以从转录组范围检测 m5C 修饰...
技术平台:BS-miRNA-seq、MAmBA 1、研究目的: 由于存在大量小片段RNA,在一般的BS-RNA-seq数据集中,映射到miRNA的reads极其少量,因此无法全面分析miRNAs中的甲基化修饰。在Cheray等人研究文章里的RNA数据集中,映射到miRNAs的reads百分比也只有大约0.25%。因此,作者开发了一种基于亚硫酸盐处理的高通量NGS策略,以单核苷酸分...
技术平台:BS-miRNA-seq、MAmBA 1、研究目的: 由于存在大量小片段RNA,在一般的BS-RNA-seq数据集中,映射到miRNA的reads极其少量,因此无法全面分析miRNAs中的甲基化修饰。在Cheray等人研究文章里的RNA数据集中,映射到miRNAs的reads百分比也只有大约0.25%。因此,作者开发了一种基于亚硫酸盐处理的高通量NGS策略,以单核苷酸分...
本研究通过BS-seq和ChIP-seq及对应的RNA-seq分析揭示了cg02746869是VIM-AS1的关键调控位点,其高甲基化与VIM-AS1的表达下调相关。VIM-AS1下调通过增强IGF2BP1与EPHA3 mRNA结合,增加EPHA3 mRNA表达,从而促进HCC进展。在HCC细胞中,VIM-AS1过表达能够降低与细胞粘附相关基因表达,并抑制HCC细胞的迁移和侵袭能力。在动物...