参数解释前面已经介绍,这里提一下,我的测序是双端测序,我们前面12个文件对应6个样本,都是成对的。CK-4_1.fq.gz CK-4_2.fq.gz是一对,处理数据的时候就是一起处理。 但是我们有6个样本的数据,就需要写6个命令,好像有点不高效,所以我们可以写一个脚本,执行一次就行。 在当前路径下创建一个脚本文件trim_...
单端数据将被称为PREFERRED_NAME_trimmed.fq(.gz),或对于配对末端数据,将称为PREFERRED_NAME_val_1.fq(.gz)和PREFERRED_NAME_val_2.fq(.gz)。--basename仅适用于指定了1个文件(单端)或2个文件(配对末端),而不适用于更长的列表。 -j/--cores INT 用于修剪的核心数[默认:1]。要使Cutadapt能够使用多个核心...
数据清洗—【trim_galore】那些事 Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:第一步首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter, 如果没有指定具体的adapter,程序会自动...
1Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。 2 trim_galore适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。 3 主要功能包括两步: 第一步 首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter(如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1milli...
Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:
对于单端测序数据,基本用法如下 代码语言:javascript 复制 trim_galore--quality20-aAGATCGGAAGAGC--length20-o out_dir input.fq 对于双端测序数据,基本用法如下 代码语言:javascript 复制 trim_galore--paired--quality20-aAGATCGGAAGAGC-a2AGATCGGAAGAGC--length20-o out_dirR1.fq.gzR2.fq.gz ...
对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq 1. 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir R1.fq.gz R2.fq.gz ...
对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore--quality20-aAGATCGGAAGAGC--length20-o out_dirinput.fq AI代码助手复制代码 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore--paired--quality20-aAGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC--length20-o out_dir R1.fq.gzR2.fq.gz ...
对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir R1.fq.gz R2.fq.gz ...
对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir R1.fq.gz R2.fq.gz ...