序列比对用到tophat2软件,使用tophat软件的优点在于tophat2在将待测序列与参考基因组比对后,会直接生成bam文件,生成的bam文件直接可以给cufflinks构建转录本,从而避免了使用其他软件时生成的sam文件要转化成bam文件才能作为cufflinks的输入文件 代码如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 tophat-p20-o tophat_outGCA...
以下是TopHat2的基本用法: 1.安装TopHat2:首先,你需要从TopHat2的官方网站或适当的资源中下载和安装TopHat2软件包。按照官方提供的安装说明进行安装。 2.准备参考基因组:在运行TopHat2之前,你需要准备一个参考基因组序列和相应的注释文件。参考基因组可以是已知的物种基因组序列,可以从公共数据库中下载或自行构建...
tophat2+cufflinks转录组测序实例将为你介绍转录组测序也就是最近热门的RNAseq整个流程,有兴趣的小伙伴可以点个关注,一起讨论学习! 人的基因组一共有两万多个基因,但这些基因并不是每时每刻都在表达,在不同时间不同组织中,基因的表达是不同的,而检测这些基因表达的有效方法就是RNAseq,它结合了下一代测序技术来...
首先利用conda安装bowtie2：conda install -y bowtie2 检查安装情况：bowtie2 -h 若成功安装，应无报错信息。若未安装bowtie2，先进行下载：wget ccb.jhu.edu/software/to...解压下载的文件：tar -zxvf tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz 将解压的tophat添加至PATH环境变量中：export PATH=/...
1.Tophat2 •Usage:tophat2–p8optionsindexPE1PE2. •Index:此索引以基因组序列为对象由bowtie-build建立。 •可以使用单端read文件也可以是PE的。 2、重要参数 •-N/--read-mismatches允许错配数;--read-gap-length插入缺失数目,一般默认即 ...
tophat2的下游软件是cufflinks,通过cufflinks我们就可以找到不同样本间的差异基因,进而进行后续的GO,KEGG分析等,所以说tophat2是转录本分析中的非常重要的一个中间工具。 tophat2的安装需要依赖三个软件:boost,samtools和Bowtie2。这三个软件安装完成后即可安装tophat2,命令如下: cd tophat ./configure make make ...
解压 $ tar -zxvf tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz 加入PATH 即可 $export PATH=/home/maque/tophat-2.1.0.Linux_x86_64/:$PATH 测试 $ tophat2 应该就看到各种信息,包括版本,基本用法等,这样 tophat2 就算安装完成了。
1)使用方法:/home/cuckoo/software/tophat-2.0.12.Linux_x86_64/tophat2 -p 8 -G \/home/cuckoo/data/liyan/train/genes.gtf -o filename_thout/ \/home/cuckoo/data/liyan/train/bowtie2index/genome /home/cuckoo/data/liyan/train/filename.fq \>filenametophat.log ...
首先要安装bowtie或bowtie2 conda install -y bowtie2 bowtie2 -h #检查是否安装成功 安装tophat2 安装 wgethttp://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz 解压 tar -zxvf tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz ...
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