首先利用conda安装bowtie2：conda install -y bowtie2 检查安装情况：bowtie2 -h 若成功安装，应无报错信息。若未安装bowtie2，先进行下载：wget ccb.jhu.edu/software/to...解压下载的文件：tar -zxvf tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz 将解压的tophat添加至PATH环境变量中：export PATH=/...
export PATH=/home/u20111230014/workspace/software/tophat-2.1.0.Linux_x86_64/:$PATH 激活conda,为tophat创建适合它的python2.7 conda create --name python27 python=2.7 -y conda activate python27 在此时python2.7的环境下,进入tophat-2.1.0.Linux_x86_64目录下 cd tophat-2.1.0.Linux_x86_64 找到top...
小鬼的MeRIPseqPipe分析拆解05-数据比对之Tophat2 rRNA去除之后就开始进行数据比对了,这一步骤作者使用了三个比对软件:Tophat2,STAR,HISAT2,BWA。 相应代码抠出来: Tophat2: image-20220327015817124.png 继续扣出来运行~ 构建索引 # 激活小环境 conda activate rna # 创建文件夹 mkdir Tophat2Index # vim Toph...
下载并安装好Anaconda后,便可以用它来配置一个python2.7的环境,代码如下 conda create --name python27 python=2.7 -y 配置完成后后输入 conda info -e 就可以看到配置的信息如图 ZN(FI$VT`K%UTZM3@(BUEVY.png 再次运行tophat2 结果又出现图示问题 (@%6K0`}EFFA4KKRZ3C{()Q.png 出现这个问题的原因是:...
在自己的小破笔记本上还是跑完了整个RNAseq差异表达的分析流程( tophat2 + cufflink + cuffdiff )虽然这个流程比较老了,现在做分析一般使用的都是 HTseq + DESeq2 等其他的流程,但是作为入门的知识还是比较容易理解,这篇文章先更一下流程,后面会再更一篇安装 Linux 子系统(已更新),安装 anconda 和一些分析...
首先要安装bowtie或bowtie2 conda install -y bowtie2 bowtie2 -h #检查是否安装成功 安装tophat2 安装 wgethttp://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz 解压 tar -zxvf tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz ...